β-地中海贫血造血干细胞双碱基编辑的功能校正与基因组完整性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307482

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：β-地中海贫血是最常见的单基因疾病之一，构成重大的全球健康挑战。编辑β-地中海贫血的遗传修饰因子，如BCL11A红系增强子和HBG启动子，可增强胎儿血红蛋白（HbF）表达，具有重大治疗潜力。双链断裂（DSB）非依赖性基因组编辑工具，如碱基编辑器，可能比传统的DSB依赖性CRISPR/Cas技术更安全，更适合多重应用。然而，有害的意外在靶和脱靶事件仍令人担忧，必须在临床应用前排除，包括标准检测技术无法发现的染色体易位。结果：我们使用来自三名供者的原代患者来源CD34+细胞，研究了基于BE的单纯和双重破坏BCL11A红系增强子和HBG启动子上BCL11A结合位点（-115bp）的DNA水平事件，并在RNA、蛋白质和形态学水平进行了功能研究。

分析包括与当前临床应用的标准化疗——基于DSB的编辑进行直接比较，以及通过CAST-seq分析DNA重组事件，以便对基于DSB、BE和双链BE的编辑相对安全性作出更广泛的推断。我们的研究揭示了双链碱基编辑的有效性，其具有稳健的γ-珠蛋白和HbF诱导作用，并且相较于单链编辑，功能矫正显著改善。此外，双链编辑在治疗相关的靶位点上均导致了简单和复杂基因组改变的低发生率。结论：在此，我们展示了通过同时靶向BCL11A红系增强子和HBG启动子实现功能矫正和基因组完整性的双链碱基编辑。我们的研究突显了当前双链BE方法的有效性、安全性和治疗潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。