DDX21敲除胎造血干祖细胞的转录变化与表观遗传景观 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296888

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

胎儿造血干细胞及其定向祖细胞（HSPCs）是高度增殖的细胞，依赖活跃的核糖体生物合成来支持胎儿造血过程中的快速扩增。核糖体生物合成不足，这种病理状态称为核糖体病，会激活p53通路并诱导未成熟祖细胞细胞周期停滞，导致造血功能破坏和红系发育不全（贫血）。DDX21是一种RNA解旋酶，通过调节rRNA剪接、加工和核糖体蛋白转录来调控核糖体生物合成。为了阐明DDX21在造血中的作用，我们通过将Ddx21f/f与Vav1-Cre小鼠杂交，在造血细胞中构建了Ddx21条件性敲除（Ddx21cKO）小鼠。Ddx21cKO胚胎显示造血功能缺陷，HSPC数量及其定向祖细胞（CMP、GMP和MEP）减少。本研究通过RNA-seq分析了E13.5 HSPCs的转录变化。通过CUT&Tag分析了与活性染色质（H3K4me3、H3K27ac）和抑制性染色质（H3K27me3、H4K4me1）相关的表观遗传标记。

染色质可及性通过ATAC-seq进行分析，而Ddx21和Kdm5a的染色质占据情况则通过CUT&Tag进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。