基因表达谱鉴定镰状细胞病血管闭塞危象的潜在生物标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291257

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

血管闭塞事件（VOE）或急性疼痛事件涉及镰状红细胞与其他血细胞之间的复杂相互作用，是镰状细胞病（SCD）的标志性症状。在本研究中，我们分析了SCD患者稳态与VOE之间外周血转录组的变化。我们随访了174例伴有或不伴有慢性疼痛的SCD患者队列，在门诊就诊时（稳态）和住院期间（VOE）采集外周血。我们对CD45+白细胞和CD71+红系细胞进行了RNA-Seq分析。在VOE时，CD45+细胞中与补体激活、凝血及IL6-JAK-STAT3信号通路相关的通路呈富集状态。相比之下，CD71+细胞中与细胞周期相关的通路（如mTORC1信号和G2M检查点）呈富集状态。与稳态相比，大多数患者在VOE期间FAM20A、IL1B、MS4A4A和SERPINB2这四个基因的表达升高。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。