重度疟疾性贫血炎症与免疫转录组定义用于免疫治疗发现

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255403

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疟疾持续构成重大公共卫生威胁，每年报告数百万病例和数十万死亡，主要发生在撒哈拉以南非洲。该疾病对居住在全地方性恶性疟原虫传播地区的五岁以下儿童影响尤为严重，这些儿童占病例的94%和死亡率的80%。幼儿极易发展为危及生命的重症疟疾贫血[SMA，血红蛋白（Hb）<5.0 g/dL]。该项目的总体目标是识别转录组中介导疾病严重程度的关键基因通路，然后针对这些特定基因，使用能够诱导出在病情较轻儿童中所见表达谱的化合物。

为实现这一目标，我们正在投入以下具体目标：1）确定疟疾免疫转录组中基因通路时间动态的变化如何促进急性疾病期间的SMA；2）确定疟疾免疫转录组中基因通路的变化如何在自然获得性免疫的发展过程中介导疟疾严重程度；以及3）识别疟疾免疫转录组中的免疫治疗靶点，这些靶点可用于在未来试验中减轻疟疾疾病严重程度并改善临床结局。为成功完成这些目标，我们正在确定宿主特征如何在14天内影响急性疾病。我们将利用该队列的离体样本测试免疫治疗化合物对宿主表达谱的影响。实现这些目标将具有广泛转化的意义：（1）识别高风险群体，以及（2）优先考虑可用于在未来免疫治疗试验中改善临床结局的化合物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。