WT与CD47缺陷小鼠感染甲型流感病毒后分离肺泡巨噬细胞的转录组学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201825

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CD47是一种广泛表达的表面分子，对免疫反应具有显著影响。然而，其在抗病毒免疫中的作用尚未完全明了。我们可以证明，CD47在流感病毒防御中具有抑制作用，因为CD47缺陷小鼠（CD47-/-）在流感病毒感染期间显示出增强的病毒清除能力。这一效应与肺泡巨噬细胞密切相关，但其潜在机制尚不清楚。因此，为了评估CD47对肺泡巨噬细胞抗病毒作用的确切影响，我们在感染后第3天分离了来自CD47-/-和WT小鼠的离体肺泡巨噬细胞，并进行了转录分析。令人惊讶的是，在甲型流感病毒感染后，与WT肺泡巨噬细胞相比，CD47缺陷的肺泡巨噬细胞中血红蛋白α和血红蛋白β的表达均增加，而非经典抗病毒介质。重要的是，血红蛋白对其他病毒的抗病毒活性已被证实，因此，CD47可能通过调节血红蛋白来限制流感病毒防御，而血红蛋白可能在感染期间作为抗病毒免疫反应的调节因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。