RBM12作为胎儿血红蛋白表达新型调控因子的鉴定与表征 [eCLIP-Seq]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE200676

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数据说明

胎儿至成人血红蛋白的转换在临床上具有重要意义，因为重新激活胎儿血红蛋白（HbF）可显著降低镰状细胞病（SCD）和β-地中海贫血相关的发病率和死亡率。大多数关于珠蛋白基因发育调控的研究，包括全基因组遗传筛选，都集中在DNA结合蛋白上，包括BCL11A和ZBTB7A/LRF及其辅因子。我们对RNA结合蛋白（RBP）在这一过程中的理解则要有限得多。已知的两个RBP——LIN28B和IGF2BP1——是HbF产生的转录后调控因子，但目前仍缺乏对RBP的整体认识。在此，我们开展了一项基于CRISPR/Cas9的筛选，靶向含有RNA甲基转移酶和/或RRM结构域的RBP，并鉴定出RBM12是一种新型HbF抑制因子。敲低RBM12可诱导HbF表达，并减轻SCD患者来源红细胞的镰状化，而对细胞成熟的有害影响极小。转录组和蛋白质组分析显示，RBM12的功能独立于已知的主要HbF调控因子。

增强型交联免疫沉淀结合高通量测序（eCLIP-Seq）显示，RBM12强烈优先结合于转录本的5‘UTR，从而缩小了RBM12作用机制的范围。值得注意的是，我们确定五个RRM结构域中的第一个是必需的，并且与连接结构域共同作用即足以介导RBM12对HbF的调控。我们将RBM12鉴定为HbF的负调控因子，这揭示了胎儿至成人血红蛋白转换的又一调控层面，并拓宽了SCD和β-地中海贫血的潜在治疗靶点库。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。