再生障碍性贫血与健康供者单细胞转录组(全长RNA-seq)

该数据集来自 NCBI,包含再生障碍性贫血(AA)患者与健康供者造血干祖细胞(HSPCs)的单细胞全长 RNA-seq 转录组数据,共 1 个文件(GSE145531_series_matrix.txt.gz),主题标签涉及高通量测序表达谱分析、平台 GPL20301 与物种 9606

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基因组分类GPL203019606
GSE145531: Single cell transcriptome from aplastic anemia (AA) and healthy donors [Full-length RNA-seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

再生障碍性贫血与健康供者单细胞转录组(全长RNA-seq)

GSE145531 是一个来自 NCBI 的单细胞转录组数据集,全称为“Single cell transcriptome from aplastic anemia (AA) and healthy donors [Full-length RNA-seq]”,聚焦再生障碍性贫血患者与健康供者造血干祖细胞(HSPCs)的转录组分析。该数据集采用高通量测序进行表达谱分析,物种为人(9606),测序平台为 GPL20301,共包含 1 个数据文件,即 GSE145531_series_matrix.txt.gz。数据集由 Caiying Zhu 提交,发布时间为 Feb 19 202,在本站归入血液及造血器官疾病 / 其他分类,可用于了解 AA 与健康供者 HSPCs 在单细胞水平上的全长 RNA-seq 表达特征。

【数据集背景】

再生障碍性贫血是一种涉及造血功能异常的血液疾病,其造血干祖细胞的状态是理解疾病机制的重要环节。该数据集以单细胞转录组为切入点,对来自再生障碍性贫血患者和健康供者的造血干祖细胞进行全长 RNA-seq 分析,为在细胞层面比较患者与健康供者的基因表达提供数据基础。源站描述明确指出,该数据集用于 AA 与健康供者造血干祖细胞的转录组分析。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE145531_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、平台编号 GPL20301 以及物种编号 9606,表明数据属于高通量测序表达谱类型,对应人类样本,并使用 GPL20301 平台产生。数据内容围绕再生障碍性贫血患者与健康供者造血干祖细胞的单细胞全长 RNA-seq 转录组展开。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题与数据集英文名一致,均为“Single cell transcriptome from aplastic anemia (AA) and healthy donors [Full-length RNA-seq]”。提交者为 Caiying Zhu,发布时间为 Feb 19 202。样本涉及再生障碍性贫血患者与健康供者的造血干祖细胞,物种为人(9606)。除上述信息外,源站未提供更详细的采集地点、采集流程或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于围绕再生障碍性贫血与健康供者造血干祖细胞的转录组比较分析,可用于高通量测序表达谱的查阅与二次利用。由于采用单细胞全长 RNA-seq,适合在单细胞层面考察造血干祖细胞的表达特征。具体分析目标应结合数据实际内容确定,源站未提供更细化的适用场景说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE145531_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因格式或编码问题导致后续分析偏差。源站未提供额外的使用步骤或分析流程说明。

【质量与限制】

该数据集仅有 1 个文件,文件样例为 GSE145531_series_matrix.txt.gz,源站未提供样本数量、测序深度、质控指标或批次信息等质量相关细节。数据覆盖范围限于再生障碍性贫血患者与健康供者的造血干祖细胞,使用时应结合源站描述理解其适用范围。源站未提供其他限制说明。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Caiying Zhu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为 Feb 19 202。源站未提供具体的引用格式、许可条款或使用限制信息,引用与许可事宜需以源站页面为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE145531

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Transcriptome analysis of hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) from aplastic anemia (AA) and healthy donors

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