儿童期发病系统性红斑狼疮患者细胞谱系特异性全基因组DNA甲基化分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118144

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数据说明

背景：儿童期发病的系统性红斑狼疮（SLE）患者通常比成年期发病患者表现出更严重的临床病程。尽管已在成年期发病的SLE患者中进行了全基因组DNA甲基化（DNAm）分析，但尚无儿童期发病SLE的平行数据。因此，我们在多个血细胞谱系中对儿童期发病SLE患者进行了全基因组DNAm研究。方法：使用Illumina HumanMethylationEPIC BeadChip，比较了16例中国儿童期发病SLE患者和13例健康对照者中四种纯化免疫细胞谱系的DNAm谱。DNAm数据集包含145个样本，包括来自CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、B细胞、中性粒细胞和全血的数据。结果：全基因组DNAm分析显示，各样本间DNAm水平存在相当大的变异，并且正如预期，聚类按细胞类型而非疾病状态发生。对全血及每个独立细胞谱系中DNAm的比较，鉴定出21个CpG位点（重叠15个基因）DNAm丢失的一致模式，这代表了在我们队列中儿童期发病SLE的一个稳健的、疾病特异性的DNAm特征。

该DNAm特征与我们成人起病SLE患者队列中鉴定的特征存在相当大的重叠，主要显示DNAm缺失以及SLE中I型干扰素信号通路相关基因的富集，无论起病年龄如何。此外，在新基因和在SLE发病机制中已有明确作用的基因中，均观察到涉及DNAm缺失和获得的细胞谱系特异性变化。结论：SLE特异性DNAm特征有潜力发展成为SLE的诊断生物标志物，这对儿童起病患者尤为重要，因为儿童SLE的诊断可能具有挑战性。本研究还强调了研究不同免疫细胞谱系中DNAm变化而非仅全血的重要性，因为细胞类型特异性

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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