RPS14单倍剂量不足红系母细胞中mRNA长度与3'UTR结构决定翻译选择性[转录组]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108820

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数据说明

5q-综合征是一种体细胞核糖体病，与RPS14基因的单等位缺失相关，以显著的红系表型为特征。贫血的机制涉及红系祖细胞分化受损和凋亡增加。本研究发现，GATA1蛋白表达水平低下，与其mRNA在核糖体上的代表性缺陷相一致。对多聚核糖体上转录本的全面分析表明，翻译具有选择性，表现为编码序列和UTR较短以及3’UTR高度结构化的转录本代表性降低，而GATA1正是这类转录本之一。我们的全蛋白质组分析证实，转录后下调的蛋白质由长度较短且3’UTR结构化的转录本编码。我们鉴定出一组翻译后下调的蛋白质，包括核糖体蛋白和翻译延伸因子，它们由5’TOP mRNA编码，且在核糖体上富集。

我们的结果表明，3’UTR的热力学特征，以及较小程度上5’UTR和转录本长度，是RPS14单倍剂量不足条件下翻译选择性的决定因素，而核糖体蛋白的翻译后调控解释了它们在细胞中含量减少的原因。我们对感染了shRPS14或shSCR的细胞进行了转录组和翻译组表达谱分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。