质粒诱导基因转录组分析：I型IFN作为DNA疫苗佐剂对抗传染性鲑鱼贫血病毒的作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106111

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

先前一项研究表明，表达IFNa的质粒（pIFNa）能显著增强针对传染性鲑鱼贫血病毒（ISAV）的DNA疫苗在大西洋鲑中的保护效果和抗体产生。该疫苗由表达病毒血凝素-酯酶作为抗原的质粒（pHE）组成。为加深对pIFNa佐剂效应的理解，本研究比较了注射pIFNa、pHE、质粒对照（pcDNA3.3）和PBS后第1周和第2周注射部位鲑鱼肌肉的转录组反应。一个主要发现是，对照质粒pcDNA3.3和pHE均引起了与pIFNa相似的应答，但幅度较低。因此，质粒DNA本身可能具有佐剂活性，正如在哺乳动物模型中所观察到的。值得注意的是，pHE对许多免疫基因（包括ISGs和趋化因子）的影响低于pcDNA3.3，这提示该病毒蛋白具有抑制作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。