溶血性贫血患者红细胞可溶性蛋白质组分析
该数据集来自 omicsdi.org,聚焦溶血性贫血患者的红细胞可溶性蛋白质组。研究采用稳定同位素二甲基标记结合强阳离子交换(SCX)色谱与 nanoLC-MS/MS,对红细胞蛋白进行定量分析

基本信息
资源简介
溶血性贫血患者红细胞可溶性蛋白质组分析
该数据集聚焦于溶血性贫血患者的红细胞可溶性蛋白质组,旨在通过定量蛋白质组学手段揭示红细胞蛋白在疾病状态下的表达变化。研究以一名溶血性贫血患者为对象,采用稳定同位素二甲基标记技术对红细胞蛋白进行精确定量,并设置了两类对照:一是四名健康受试者的样本,用于反映健康个体间的正常变异;二是两名非球形溶血性贫血患者的样本,用于区分因网织红细胞含量升高而导致的蛋白水平差异。通过强阳离子交换色谱与纳升液相色谱-串联质谱联用,实现了对红细胞蛋白的定量分析。该数据集为理解溶血性贫血的分子机制提供了蛋白质层面的数据资源,适用于血液及造血器官疾病领域的相关研究。
【数据集背景】
溶血性贫血是一类因红细胞破坏速率加快而导致的疾病,其病理机制涉及红细胞膜、代谢酶及血红蛋白等多个层面的异常。红细胞作为成熟无核细胞,其可溶性蛋白质组在维持细胞形态、携氧功能及抗氧化防御中发挥关键作用。然而,在溶血性贫血状态下,红细胞蛋白的表达与修饰可能发生显著改变,且网织红细胞比例升高本身也会影响整体蛋白谱。因此,区分疾病特异性变化与网织红细胞增多带来的非特异性变化,成为该领域研究的重要挑战。该数据集正是针对这一问题,通过设置健康对照与非球形溶血性贫血对照,试图在定量水平上解析溶血性贫血患者红细胞可溶性蛋白质组的特征。
【数据内容】
该数据集的核心内容为溶血性贫血患者红细胞可溶性蛋白质组的定量分析结果。研究采用稳定同位素二甲基标记技术,对红细胞蛋白进行相对定量。样本包括一名溶血性贫血患者、四名健康受试者以及两名非球形溶血性贫血患者。通过强阳离子交换色谱预分离与纳升液相色谱-串联质谱联用,获取了红细胞蛋白的定量信息。数据集的主题标签包括蛋白质组学、溶血性贫血和红细胞,反映了其研究领域与对象。源站未提供具体的蛋白鉴定数量、定量比值范围或差异表达蛋白列表等详细数据内容。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org,属于血液及造血器官疾病分类下的其他类别。源站描述指出,研究通过定量蛋白质组学方法对溶血性贫血患者的红细胞进行了分析,并采用稳定同位素二甲基标记结合强阳离子交换色谱与纳升液相色谱-串联质谱联用技术。样本采集涉及一名溶血性贫血患者、四名健康受试者以及两名非球形溶血性贫血患者。源站未提供样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息或质谱仪型号等细节。
【适用场景】
该数据集适用于溶血性贫血分子机制研究、红细胞蛋白质组学方法学参考以及疾病生物标志物发现等场景。通过比较患者与健康对照及非球形溶血性贫血对照,研究人员可探索与溶血性贫血相关的红细胞蛋白表达变化,并区分疾病特异性改变与网织红细胞增多引起的普遍性变化。此外,该数据集也可用于评估稳定同位素二甲基标记结合强阳离子交换色谱与纳升液相色谱-串联质谱联用技术在红细胞蛋白质组定量中的适用性。源站未提供具体的适用场景限制或推荐分析流程。
【使用方法】
该数据集可通过omicsdi.org获取,具体下载方式、文件格式及数据组织方式源站未提供。用户在使用时,可参考源站描述中提及的技术路线,即稳定同位素二甲基标记、强阳离子交换色谱与纳升液相色谱-串联质谱联用,进行数据解析。由于源站未提供原始数据文件、处理参数或分析脚本,用户需根据自身研究需求进行数据处理与统计分析。建议在使用前查阅源站相关文档或联系数据提供者以获取更多技术细节。
【质量与限制】
该数据集基于定量蛋白质组学技术,采用稳定同位素二甲基标记和强阳离子交换色谱与纳升液相色谱-串联质谱联用,具备较高的定量准确性。然而,样本量较小,仅包括一名溶血性贫血患者、四名健康受试者和两名非球形溶血性贫血患者,可能限制统计功效与结论的普适性。此外,源站未提供数据质量评估指标、缺失值处理方式或技术重复信息。因此,在使用该数据集时,需谨慎解释结果,并考虑样本量及技术变异对结论的影响。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议及使用条款源站未提供。用户在使用时应遵循omicsdi.org的相关规定,并建议直接联系数据提供者以获取引用格式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD001837
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们采用定量蛋白质组学方法研究了一名溶血性贫血患者的红细胞。我们使用稳定同位素二甲基标记来精确量化红细胞蛋白质。作为对照,1) 采集了四名健康受试者的样本,以考虑健康个体中的正常变异,2) 采集了两名非球形红细胞溶血性贫血患者的样本,以考虑因网织红细胞含量升高导致的蛋白质水平差异。我们结合了强阳离子交换(SCX)色谱与纳升液相色谱-串联质谱(nanoLC-MS/MS),从而能够对红细胞蛋白质进行定量。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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