2015年8月BP数据集:GRCh38上CD34阴性、CD41阳性、CD42阳性巨核细胞的DNase超敏样本

该数据集来自 omicsdi.org,属于 BLUEPRINT 项目 2015 年 8 月发布的一部分,提供 1 个 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞样本的 DNase 超敏性数据

omicsdi
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基因组Genomics
BP_August_2015_DNase-Hypersensitivity_CD34-negative,_CD41-positive,_CD42-positive_megakaryocyte_cell_on_GRCh38 - samples

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

2015年8月BP数据集:GRCh38上CD34阴性、CD41阳性、CD42阳性巨核细胞的DNase超敏样本

该数据集为 BP_August_2015_DNase-Hypersensitivity_CD34-negative,_CD41-positive,_CD42-positive_megakaryocyte_cell_on_GRCh38 - samples,来源于 omicsdi.org,属于血液与淋巴系统疾病 / 其他分类,主题标签为 Genomics。其内容围绕 1 个 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞样本的 DNase 超敏性数据展开,基于人类基因组 GRCh38 完成 1 次运行、1 个实验和 1 次比对。该数据是 BLUEPRINT 项目 2015 年 8 月发布的一部分,可用于了解特定巨核细胞样本的染色质开放区域信息,为血液与淋巴系统相关研究提供基因组层面的数据支持。

【数据集背景】

该数据集属于 BLUEPRINT 项目 2015 年 8 月发布内容的一部分。BLUEPRINT 项目关注血液细胞的表观基因组与基因组特征,本数据集聚焦于一种特定表型的巨核细胞,即 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞。该样本的 DNase 超敏性数据在人类基因组 GRCh38 上完成处理,并包含 1 次运行、1 个实验和 1 次比对。源站描述同时提供了分析文档的获取位置,便于使用者了解该 DNase 超敏性数据的分析流程与背景。

【数据内容】

该数据集包含 1 个 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞样本的 DNase 超敏性数据。DNase 超敏性数据通常用于识别染色质开放区域,从而反映潜在的调控元件位置。该数据集对应 1 次运行、1 个实验和 1 次比对,比对参考为人类基因组 GRCh38。除上述信息外,源站未提供更多关于数据文件类型、数据量、具体峰值区域或注释结果的细节。

【采集与来源】

该数据集来自 omicsdi.org,属于 BLUEPRINT 项目 2015 年 8 月发布的一部分。样本类型为 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞。源站描述指出,该数据包含 1 个样本、1 次运行、1 个实验和 1 次比对,参考基因组为 GRCh38。分析文档可通过源站提供的链接获取。除这些来源与样本信息外,源站未提供更详细的采集时间、采集地点、供体信息或实验操作步骤。

【适用场景】

该数据集适用于与巨核细胞相关的基因组学和表观基因组学研究,尤其是关注 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞染色质开放状态的分析。由于数据基于 GRCh38 人类基因组,可用于与其他同参考基因组的 DNase 超敏性数据进行比较或整合。其主题标签为 Genomics,也可作为血液与淋巴系统疾病 / 其他分类下的参考数据。除上述方向外,源站未提供具体的适用场景说明或推荐分析类型。

【使用方法】

该数据集可通过 omicsdi.org 获取,源站描述中提供了分析文档地址,使用者可参考该文档了解 DNase 超敏性数据的分析方式。数据基于人类基因组 GRCh38,包含 1 次运行、1 个实验和 1 次比对,适合在兼容 GRCh38 的分析流程中使用。除源站描述中提到的分析文档链接外,源站未提供其他使用步骤、软件要求或参数设置信息。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个 CD34 阴性、CD41 阳性、CD42 阳性巨核细胞样本,样本数量有限,可能限制统计推断或泛化能力。数据包含 1 次运行、1 个实验和 1 次比对,基于人类基因组 GRCh38。源站未提供质量评估指标、重复性信息、批次效应说明或数据完整性报告。因此,使用时应结合具体研究目的谨慎解释结果。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者如需引用或使用该数据,应参考 omicsdi.org 及 BLUEPRINT 项目相关页面,并遵循其发布与使用要求。除源站描述中提到的分析文档地址外,源站未提供具体的许可条款或引用格式。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001001524

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNase-Hypersensitivity data for 1 CD34-negative, CD41-positive, CD42-positive megakaryocyte cell sample(s). 1 run(s), 1 experiment(s), 1 alignment(s) on human genome GRCh38. Part of BLUEPRINT release August 2015. Analysis documentation available at http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/blueprint/releases/20150820/homo_sapiens/README_dnaseseq_analysis_20150820

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