3’-Seq sHSC/pHSC 数据集

该数据集为 3’-Seq 转录组数据,来源于离体分离的小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)以及增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC)

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
3’-Seq sHSC/pHSC

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

3’-Seq sHSC/pHSC 数据集

该数据集为 3’-Seq 转录组数据,来源于离体分离的小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)以及增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC)。其英文名称为 3’-Seq sHSC/pHSC,在相关分类体系中归属于血液与淋巴系统疾病 / 其他,来源站为 omicsdi.org,主题标签为 Transcriptomics。整体来看,该数据集围绕小鼠造血干细胞在稳态与增殖状态下的转录组特征展开,可用于观察两类细胞群体在基因表达层面的差异,适合对造血干细胞生物学、血液系统相关研究以及转录组分析感兴趣的研究人员参考使用。

【数据集背景】

造血干细胞是维持血液系统长期稳态与再生的重要细胞群体。该数据集关注小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)与增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC),通过 3’-Seq 转录组技术对离体分离的细胞进行表达谱分析。其分类归属于血液与淋巴系统疾病 / 其他,主题标签为 Transcriptomics,说明该数据主要用于转录组层面的研究,并与血液与淋巴系统疾病领域相关。源站未提供更详细的研究背景、实验目的或疾病模型说明。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 3’-Seq 转录组数据,样本来自离体分离的小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)以及增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC)。3’-Seq 是一种针对转录本 3’端进行测序的技术,通常用于基因表达定量分析。该数据集覆盖稳态与增殖两种状态的造血干细胞,可用于比较两类细胞在转录组水平上的表达特征。除上述信息外,源站未提供样本数量、测序深度、基因覆盖度、表达矩阵格式或具体数据文件列表等细节。

【采集与来源】

数据来源站为 omicsdi.org。根据源站描述,该数据集基于离体分离的小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)和增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC)构建。所谓离体分离,通常指从生物体内取出细胞后在体外进行后续处理或测序。增殖状态以 16h pIC 表示,提示其与某种处理或刺激后 16 小时的状态相关,但源站未提供该处理的具体含义、实验条件、动物品系、性别、年龄或饲养环境等信息。

【适用场景】

该数据集适用于转录组学相关研究,尤其是针对小鼠造血干细胞稳态与增殖状态的基因表达分析。潜在应用包括:比较 sHSC 与 pHSC 之间的表达差异,识别与增殖状态相关的转录特征,或作为血液与淋巴系统疾病 / 其他分类下的参考数据。主题标签 Transcriptomics 表明其可服务于转录组层面的探索性分析。由于源站未提供疾病模型、临床信息或具体实验设计,该数据集是否适合特定疾病机制研究、药物响应分析或临床转化研究,需结合更多背景信息判断。

【使用方法】

该数据集为 3’-Seq 转录组数据,通常可用于表达定量、差异表达分析、聚类分析或与其他转录组数据集整合分析。使用时应关注其来源于离体分离的小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)与增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC)这一特点,避免将其直接外推到其他细胞类型或物种。源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、预处理流程、参考基因组版本或分析工具建议,因此实际使用前需参考来源站 omicsdi.org 的原始页面获取进一步说明。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为 Transcriptomics,来源站为 omicsdi.org,源站描述仅说明其为 3’-Seq 数据集,样本为离体分离的小鼠多能稳态造血干细胞(sHSC)和增殖状态造血干细胞(16h pIC;pHSC)。源站未提供样本量、重复数、测序质量、批次效应、数据完整性或验证实验等信息。因此,无法依据现有信息评估其技术质量、生物学重复可靠性或统计效力。使用时应将其视为转录组层面的资源,并结合原始来源进行质量判断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或版权信息。如需引用或使用,建议访问来源站 omicsdi.org 查询原始页面以获取准确的引用与许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-7390

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Here, we present a 3’-Seq dataset of ex vivo isolated mouse multipotent steady state hematopoietic stem cells (sHSC) and proliferating HSCs (16h pIC; pHSC)

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