AT-AML患者系列样本全外显子测序数据集
AT-AML患者全外显子测序系列样本，含血液、骨髓及AML血液样本共5个BAM文件和2个VCF分析结果。
基本信息
资源简介
AT-AML患者系列样本全外显子测序数据集
【数据内容】
源站原始描述：Serial samples from one AT-AML patient as described in publication Goldgraben et al Pediatric Blood & Cancer 2020. Whole exome sequencing of a AT-''germline'' blood sample, one bone marrow sample (at AML diagnosis) and 3 AML blood samples. Library preped using the Illumina Nextera Rapid Capture Exome Enrichment Kit, and sequenced as PE150 on HiSeq4000. Provided: 5 BAM files (GRCh37); 2 VCF analyses (germline and somatic)
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：来自一名 AT-AML 患者的连续样本，如 Goldgraben 等人发表于 Pediatric Blood & Cancer 2020 的文献所述。对一份 AT-“种系”血液样本、一份骨髓样本（AML 诊断时）和 3 份 AML 血液样本进行了全外显子组测序。使用 Illumina Nextera Rapid Capture Exome Enrichment Kit 制备文库，并在 HiSeq4000 上以 PE150 测序。提供：5 个 BAM 文件（GRCh37）；2 项 VCF 分析（种系和体细胞）。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006090
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源站：https://www.omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006090
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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