血液干/祖细胞中的组合转录调控：10种主要转录调节因子的全基因组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-22178

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数据说明

组合转录因子（TF）相互作用控制细胞表型，因而支撑着干细胞的形成、维持与分化。本文报道了血液干/祖细胞的10个关键调控因子（Scl/Tal1、Lyl1、Lmo2、Gata2、Runx1、Meis1、Pu.1、Erg、Fli-1、Gfi1b）在全基因组范围内的结合模式及组合相互作用，从而提供了迄今针对任何成体干/祖细胞类型最为全面的TF数据集。对复杂结合模式的全基因组计算分析及随后的功能验证揭示了以下内容：第一，七个TF（Scl、Lyl1、Lmo2、Gata2、Runx1、Erg、Fli-1）之间存在一种此前未被认识到的组合相互作用。第二，我们提示四种关键调控因子（Runx1、Gata2、Scl、Erg）之间的直接蛋白质-蛋白质相互作用在稳定复合物与DNA的结合中发挥作用。第三，Runx1+/-::Gata2+/-复合杂合小鼠不能存活，并在妊娠中期出现严重造血缺陷。综上所述，本研究证明了全基因组分析在为干/祖细胞的转录控制产生新的功能性见解方面的强大能力。

10个样本（9个转录因子和1个组蛋白修饰）和1个对照（IgG）。均来自同一细胞系，即造血祖细胞系（HPC-7）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。