原代人成体红系祖细胞染色质状态可塑性ChIP-seq分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-52924

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们报告了一种用于研究染色质状态可塑性的计算方法。我们将该方法应用于研究一个ENCODE ChIP-seq数据集，该数据集描绘了19种人类细胞系中H3K27me3的全基因组分布。我们发现，高可塑性区域（HPRs）可分为两个在功能和机制上截然不同的组，由CpG岛近端和远端区域组成。我们在ENCODE细胞系中鉴定出与远端HPRs处H3K27me3模式相关的细胞类型特异性调控因子。此外，我们将该方法应用于研究原代人红系前体细胞中预备增强子建立的机制。我们预测并验证了TAL1通过与GFI1B等其他辅因子相互作用来调节H3K27me3模式的一个此前未被认识的作用。我们的整合方法为染色质状态可塑性提供了机制性见解，并可广泛适用于其他表观遗传标记。通过ChIP-seq分析原代成人人原红细胞中H3K27me3、H3K27ac、GATA1、TAL1/SCL和GFI1B的基因组占据情况。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。