Nfe2l2基因敲除小鼠模型重现圆锥角膜关键病理特征
该数据集是一个单细胞RNA测序数据集，包含来自野生型和Nfe2l2基因敲除小鼠角膜组织的单细胞转录组数据，通过液滴测序平台获取，经过比对、校正、标准化和聚类分析，用于研究圆锥角膜疾病模型中基因缺失对细胞类型和基因表达的影响，主要应用于眼科疾病机制探索和生物标记物发现。
基本信息
资源简介
Nfe2l2基因敲除小鼠模型重现圆锥角膜关键病理特征
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Nfe2l2-knockout mouse model recapitulates key pathological features of keratoconus》。源站首次发布：2025-12-25。
【数据内容】
源站原始描述：Fresh corneas from WT and Nfe2l2-KO mice (n = 5/group, 4-month-old) were dissociated with papain (20 U/mL) + DNase I for 15–20 min at 37 °C, quenched with ovomucoid, filtered (40 µm), and processed on a droplet-based scRNA-seq platform. Library preparation and sequencing were outsourced to Singleron Biotechnologies (Nanjing, China). Raw reads were aligned to mm10 with STAR/Drop-seq Tools; ambient RNA was corrected with SoupX. In Seurat v5, low/high feature outliers and high-mitochondrial cells w…
【数据结构与技术规格】
文件数 2 个，合计 192.89 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.30947630.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Ophthalmology、Vision science。主题标签：Keratoconus、NRF2、Nfe2l2-knockout mouse model、Oxidative stress、Extracellular matrix remodeling。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Ophthalmology、Vision science。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/Nfe2l2-knockout_mouse_model_recapitulates_key_pathological_features_of_keratoconus/30947630
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Cui, Zekai (2025). Nfe2l2-knockout mouse model recapitulates key pathological features of keratoconus. figshare. Dataset
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
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数据说明
该数据集是一个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，来源于野生型（WT）和Nfe2l2基因敲除（KO）小鼠的角膜组织。数据包含通过液滴平台（如10x Genomics）获取的单细胞转录组测序原始读数，经过STAR/Drop-seq Tools比对至mm10参考基因组，并使用SoupX进行环境RNA校正，通过Seurat v5进行质量控制（包括去除异常细胞、线粒体高表达细胞和双细胞）、SCTransform标准化与整合，以及基于SNN/UMAP的细胞聚类和经典标记基因注释。数据集旨在研究Nfe2l2基因缺失如何在小鼠模型中模拟圆锥角膜的病理特征，为圆锥角膜的分子机制和潜在治疗靶点提供单细胞水平的见解。
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