三种正常人眼组织miRNA表达谱的miRNA-Seq数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81254

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由于微小RNA（miRNA）与眼部疾病相关，我们的研究旨在利用miRNA测序技术分析正常人眼组织中眼部miRNA的表达情况，为未来的疾病研究提供基础。使用mirVana总RNA分离试剂盒从正常人睫状体（CB）（n=7）、角膜（n=7）和小梁网（TM）（n=7）样本中提取总RNA。测序文库采用Illumina TruSeq小RNA样本制备试剂盒构建，并使用Illumina MiSeq进行测序。生成的序列读段经过修剪后，使用Bowtie软件与人类参考数据库进行比对，仅纳入与miRBase中成熟miRNA完全匹配的序列。利用miRTarBase数据库分析我们组织中miRNA的靶基因，并通过微滴式数字PCR（ddPCR）验证了几个选定miRNA的表达。我们在样本中共发现378个表达的miRNA，其中miR-143-3p、miR-184、miR-26a-5p和miR-204-5p表达最为丰富。

基于表达模式与基因靶点，我们鉴定了几种独特表达的miRNA，并构建了一个已知靶向与圆锥角膜和青光眼相关基因的miRNA图谱。利用ddPCR技术，我们验证了通过miRNA-Seq创建的表达谱。我们首次使用miRNA-Seq对三种人眼组织中的miRNA表达进行了分析，识别出许多先前未在眼部组织中报道过的miRNA。了解非病变眼组织中miRNA的表达情况，有助于阐明伴随青光眼和圆锥角膜等疾病的miRNA变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。