GSE263230:小梁网细胞身份的解码研究
该数据集来自NCBI GEO,聚焦眼及附器疾病中的青光眼,围绕小梁网细胞身份展开。研究组装了14个原代hTM体外样本,覆盖第1至第4代,其中4个样本来自确诊青光眼的个体,通过单细胞RNA测序比较原代hTM细胞培养与hTM组织,以探讨细胞异质性、细胞身份及体外研究结果的可转化性

基本信息
资源简介
GSE263230:小梁网细胞身份的解码研究
To Be or Not to Be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity
该数据集来自NCBI GEO,聚焦眼及附器疾病中的青光眼,围绕小梁网细胞身份展开。研究组装了14个原代hTM体外样本,覆盖第1至第4代,其中4个样本来自确诊青光眼的个体,通过单细胞RNA测序比较原代hTM细胞培养与hTM组织,以探讨细胞异质性、细胞身份及体外研究结果的可转化性。数据可用于转录组表达谱分析、细胞类型识别与分类研究,为青光眼相关小梁网功能障碍的机制探索提供资源(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Apr 04 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):传统流出道中的小梁网对维持眼内压稳态至关重要。采用人小梁网(hTM)原代细胞培养的体外研究历来被用作探究TM功能障碍病理生物学的替代手段。尽管应用广泛,但将体外研究结果转化到离体和/或体内研究仍是一项挑战。鉴于细胞异质性,对原代hTM细胞培养与hTM组织进行单细胞RNA测序比较,可能为细胞身份和可转化性提供重要见解,因为此类方法此前尚未有报道。在本研究中,我们共组装了14个原代hTM体外样本,覆盖第1至第4代,其中包括4个来自确诊青光眼个体的样本。该数据集提供了原代hTM的全面转录组资源。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL24676、9606。本站分类:眼及附器疾病/青光眼。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263230
【使用注意】
· 源站最后修改于 Mar 11 202,引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
传统外流途径中的小梁网对维持眼内压稳态至关重要。采用人小梁网(hTM)原代细胞培养的体外研究,历来被用作探究TM功能障碍病理生物学的替代方法。尽管其应用广泛,但将体外研究结果转化至离体和/或体内研究仍是一项挑战。鉴于细胞异质性,对原代hTM细胞培养物与hTM组织进行单细胞RNA测序比较,可能为细胞身份和可转化性提供重要见解,因为此类方法此前尚未有报道。在本研究中,我们汇集了共14个原代hTM体外样本,涵盖第1至第4代,其中包括4个来自被诊断为青光眼个体的样本。该数据集提供了原代hTM体外scRNA-seq数据的全面转录组资源,可用于研究基因表达的整体变化,并与原位组织中的细胞进行比较。我们进行了广泛的预处理和质量控制,使研究界能够获取并利用这一公共资源。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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