人源假性剥脱性青光眼房水蛋白质组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000093682

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

剥脱综合征（PEX）是一种全身性疾病，表现为全身出现蓬松的蛋白质纤维状物质。在眼部，此类沉积物因阻碍房水外流而导致青光眼（PEXG）。当患者出现急性青光眼时，需要抽取眼内部分房水以缓解疼痛和压力。该无标记蛋白质组学数据集采集自接受白内障手术的人类供体。房水采集于必要的眼科手术操作中，在获得人类受试者知情同意后允许进行前房穿刺，且未收集身份识别信息，但收集了所有疾病和用药史。样本采集包括非青光眼对照组（CTL-GC）、剥脱综合征患者（PEX-GC）以及合成的GC-球蛋白纯蛋白（GC-Pure）。通过前房穿刺采集约50-120微升的房水，采集后立即储存于-80°C直至分析。蛋白质提取通过在提取缓冲液（TEAB、NaCl和SDS）中匀浆组织来完成。对蛋白质含量进行估算，并将各实验样本归一化至10微克。

样品使用TCEP还原，碘乙酰胺烷基化，并经胰蛋白酶过夜消化。非靶向液相色谱-质谱分析在Easy nLC 1000液相色谱仪与QExactive质谱仪联用系统（LC-MS/MS）上进行。数据分析采用Proteome Discoverer 3.0和Graph Pad Prism 10软件。每个样品独立运行三次。原始质谱数据文件通过Proteome Discoverer 3.0进行分析。人类蛋白质组从UniProt下载，作为蛋白质鉴定的目标数据库。最大漏切位点设置为2，最小肽段长度设为6。前体质量容差设为10ppm，碎片质量容差设为0.02 Da。实验蛋白质的翻译后修饰包括氧化、乙酰化，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。