Fuchs角膜内皮营养不良患者来源的人角膜内皮转录组数据集

数据可用于识别差异表达基因并开展富集分析,以揭示可能与FECD病理生理相关的通路,从而支持对该病发病机制的研究(来源 ncbi.nlm.nih.gov)

sra
浏览 9
基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJDB14706: Transcriptome dataset of human corneal endothelium derived from patients with Fuchs endothelial corneal dystrophy

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

Fuchs角膜内皮营养不良患者来源的人角膜内皮转录组数据集

PRJDB14706 是一个聚焦人类角膜内皮转录组的数据集,来源于 Fuchs 角膜内皮营养不良(Fuchs endothelial corneal dystrophy,FECD)患者。FECD 是最常见的遗传性角膜疾病,其特征性表现包括被称为 guttae 的纤维性局灶性突起,以及角膜内皮细胞死亡所导致的角膜水肿,二者共同造成进行性视力丧失。尽管已报道多个与 FECD 相关的遗传变异,该病的发病机制仍未完全阐明。该数据集以 RNA-Seq 技术获取白种人 FECD 受试者角膜内皮细胞的基因表达信息,主题标签为转录组或基因表达,旨在支持差异表达基因识别与富集分析,从而揭示可能与 FECD 病理生理相关的通路,为发病机制研究提供数据基础。

【数据集背景】

Fuchs 角膜内皮营养不良是最常见的遗传性角膜疾病。其典型病理改变包括称为 guttae 的纤维性局灶性突起,以及由角膜内皮细胞死亡引起的角膜水肿,最终导致进行性视力丧失。虽然已有多个 FECD 相关遗传变异被报道,但该病的发病机制尚未被完全理解。基于这一背景,相关研究的目标是获取来源于白种人 FECD 受试者角膜内皮细胞的 RNA-Seq 数据集,通过识别差异表达基因并开展富集分析,揭示可能与 FECD 病理生理过程相关的通路。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,即转录组或基因表达数据。其核心内容为来源于白种人 FECD 受试者角膜内皮细胞的 RNA-Seq 数据,可用于差异表达基因的识别以及富集分析。数据集英文名称为“Transcriptome dataset of human corneal endothelium derived from patients with Fuchs endothelial corneal dystrophy”,表明其对象是人类角膜内皮,且供体为 FECD 患者。关于样本数量、测序平台、 reads 长度、表达矩阵格式等具体技术细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。数据取自白种人 FECD 受试者的角膜内皮细胞,并以 RNA-Seq 方式进行转录组测定。关于样本采集的具体临床信息、受试者纳入与排除标准、对照样本设置、测序文库构建方法及测序深度等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于识别 FECD 角膜内皮中的差异表达基因,并在此基础上开展富集分析,以揭示可能与 FECD 病理生理相关的通路。其适用方向包括 FECD 发病机制研究、角膜内皮细胞转录组特征分析,以及围绕遗传变异与基因表达关系展开的后续研究。关于该数据集是否适用于其他角膜疾病或一般人群角膜内皮研究,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,可围绕 FECD 受试者角膜内皮细胞的 RNA-Seq 数据进行差异表达分析,并对得到的差异表达基因开展富集分析,以探索与 FECD 病理生理潜在相关的通路。关于数据下载方式、文件组织格式、预处理流程、参考基因组版本及分析软件参数等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集聚焦于白种人 FECD 受试者的角膜内皮细胞,其样本来源具有特定人群与疾病背景。关于样本量大小、测序质量指标、数据完整性、批次效应、是否包含对照群体以及结果的统计效力等,源站未提供。由于 FECD 发病机制尚未完全阐明,基于该数据集的分析结果应结合其他证据综合解读。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,英文名称为“PRJDB14706: Transcriptome dataset of human corneal endothelium derived from patients with Fuchs endothelial corneal dystrophy”。关于具体的引用文献、作者列表、数据许可条款及使用限制,源站未提供。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB14706

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Fuchs内皮性角膜营养不良(FECD)是最常见的遗传性角膜疾病。称为角膜滴状赘疣的纤维状局灶性突起以及角膜内皮细胞死亡所致的角膜水肿,会导致进行性视力丧失。已有多个FECD相关遗传变异被报道,但其发病机制尚未完全阐明。本研究的目标是获取来源于高加索FECD受试者角膜内皮细胞的RNA-Seq数据集,以识别差异表达基因并进行富集分析,从而揭示可能与FECD病理生理学相关的通路。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据缺失?

依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。

⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。

获取专属数据定制方案