E-MTAB-8846转移性UM单细胞数据
转移性葡萄膜黑色素瘤肿瘤浸润淋巴细胞单细胞RNA测序数据，由EMBL-EBI提供，来自OmicsDI数据库，数据格式为表格，适用于分类任务。
基本信息
资源简介
E-MTAB-8846转移性UM单细胞数据
【一句话概览】
自身免疫调节因子（Aire）在胸腺中调控外周自身抗原向发育中T细胞的呈递，对免疫耐受诱导至关重要。缺失Aire的小鼠会发生多器官自身免疫，但其主要淋巴器官中免疫细胞的变化尚不清楚。本研究采用单细胞RNA测序，对四只Aire缺陷型（B6.AireC313X-/-）和四只野生型小鼠的胸腺、骨髓和淋巴结免疫细胞进行表征，每种基因型含两只雄性和两只雌性，小鼠处死时为6至9周龄。每个小鼠共生成九种样本类型，即三种组织分别用于GEX、TCR和BCR测序（来源 OmicsDI）。
【数据内容】
源站原始描述：Autoimmune regulator (Aire) orchestrates the display of peripheral self-antigens to T cells developing in the thymus, thereby playing a crucial function in the induction of immune tolerance. Mice lacking Aire develop multiorgan autoimmunity, but how that reflects on immune cells in the major lymphoid organs is not well understood. Here we used single cell RNA-seq to characterize immune cells isolated from the thymus, bone marrow (BM) and lymph node (LN) of four Aire-deficient (B6.AireC313X-/-) a…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：自身免疫调节因子（Aire）负责调控胸腺中发育T细胞对外周自身抗原的展示，从而在免疫耐受诱导中发挥关键作用。缺乏Aire的小鼠会发展出多器官自身免疫病，但这一现象如何反映在主要淋巴器官的免疫细胞上尚不清楚。本研究采用单细胞RNA测序技术，对四只Aire缺陷型（B6.AireC313X-/-）小鼠和四只野生型（WT）小鼠的胸腺、骨髓（BM）和淋巴结（LN）中分离的免疫细胞进行了表征，每种基因型包含两只雄性和两只雌性小鼠。B6.AireC313X-/-小鼠由Yael Goldfarb和Jakub Abramson构建并惠赠（先前已在Goldfarb等人2021年的研究中描述，DOI: 10.1084/jem.20201076）。小鼠在处死时年龄为6-9周。本研究对每只小鼠共生成九种样本类型；从三种组织——胸腺、淋巴结和骨髓——中分离的免疫细胞，每种组织分别用于GEX、TCR和BCR测序。样本名称中标注了个体、组织、文库类型和泳道信息，格式如下：基因型_小鼠编号_组织_文库类型_泳道，例如：AireC313X_1_thymus_GEX_lane1
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-8846
下载信息
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源站：https://www.omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-8846
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
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- OpenDataLab:
数据说明
转移性葡萄膜黑色素瘤肿瘤浸润淋巴细胞单细胞RNA测序数据。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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