软基质促进人视网膜色素上皮细胞纤毛发生数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.11588/DATA/KU6NDE

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数据说明

初级纤毛（PC）是一种基于微管的机械感受细胞器，参与信号转导。尽管PC的信号功能已被充分研究，但其与细胞机械环境的相互作用仍不清楚。在本研究中，我们使用聚丙烯酰胺水凝胶研究细胞外基质（ECM）刚度如何影响人视网膜色素上皮（RPE1）细胞的纤毛发生。我们发现，柔软水凝胶（1 kPa）可在不依赖血清饥饿（一种经典的体外促纤毛发生方法）的情况下诱导RPE1细胞纤毛形成和延长。对软基质上血清培养的RPE1细胞进行转录组分析，揭示了细胞周期退出以及有利于纤毛发生的ECM和细胞骨架基因表达改变。此外，我们观察到，尽管在软基质上形成的纤毛非常长，但它们具有功能，能够正常转导Sonic hedgehog信号。对两种纤毛诱导条件（软基质和血清饥饿）的转录组和显微镜分析显示，两种条件下纤毛相关基因均上调，增殖标志物均下调。

自噬基因在血清饥饿细胞中更为富集，而ECM基因的上调和肌动蛋白相关基因的下调在软基质上更为明显。我们的研究表明，PC生物发生可在软基质上的RPE1细胞中通过机械方式诱导，且不依赖外部生化信号。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。