成人人神经视网膜单细胞RNA-seq

该数据集为成人人神经视网膜的单细胞RNA测序数据,来源于三名供者死后获取的20,009个细胞,构建了参考转录组图谱。通过无监督聚类分析,识别出18个转录上不同的细胞簇,覆盖所有已知视网膜细胞类型,包括视杆细胞、视锥细胞、Müller胶质细胞、双极细胞、无长突细胞、视网膜神经节细胞、水平细胞、视网膜星

biostudies
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基因组分类RNA-seq of coding RNA from single cellsHomo sapiens
Single cell RNA-seq of adult human neural retina

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

成人人神经视网膜单细胞RNA-seq

该数据集为成人人神经视网膜的单细胞RNA测序数据,来源于三名供者死后获取的20,009个细胞,构建了参考转录组图谱。通过无监督聚类分析,识别出18个转录上不同的细胞簇,覆盖所有已知视网膜细胞类型,包括视杆细胞、视锥细胞、Müller胶质细胞、双极细胞、无长突细胞、视网膜神经节细胞、水平细胞、视网膜星形胶质细胞和小胶质细胞。该数据从整体上刻画了人视网膜的细胞类型构成,为视网膜细胞类型研究提供了参考转录组资源,属于眼及附器疾病相关分类下的数据集,主题涉及单细胞编码RNA测序与人(Homo sapiens)。

【数据集背景】

视网膜是结构复杂、细胞类型多样的神经组织,全面刻画其细胞类型构成对理解视网膜生理功能及相关疾病具有重要意义。该数据集正是为全面分析人视网膜中的细胞类型而生成,研究对成人人神经视网膜开展单细胞RNA测序,并据此构建参考转录组图谱,以转录组层面的证据系统描述视网膜内各类细胞的分布与区分。

【数据内容】

该数据集的核心内容为成人人神经视网膜的单细胞RNA测序数据,共涉及20,009个细胞。基于无监督聚类分析,数据中识别出18个转录上不同的细胞簇,这些细胞簇代表了所有已知的视网膜细胞类型,包括视杆细胞、视锥细胞、Müller胶质细胞、双极细胞、无长突细胞、视网膜神经节细胞、水平细胞、视网膜星形胶质细胞和小胶质细胞。主题标签表明其测序对象为单细胞中的编码RNA,物种为人。

【采集与来源】

数据来源于三名供者,细胞为死后获取,共20,009个细胞用于单细胞RNA测序。数据集来源站为ebi.ac.uk。除上述供者数量、细胞获取方式与细胞总数外,源站未提供更详细的采集时间、地点及处理流程信息。

【适用场景】

该数据集构建的参考转录组图谱可用于视网膜细胞类型的鉴定与参照,支持对已知视网膜细胞类型(视杆细胞、视锥细胞、Müller胶质细胞、双极细胞、无长突细胞、视网膜神经节细胞、水平细胞、视网膜星形胶质细胞和小胶质细胞)的转录组层面研究。其分类归属眼及附器疾病相关方向,可作为视网膜细胞类型相关研究的基础参考资源。更具体的应用场景源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。可确认的是,数据以单细胞RNA测序结果形式存在,并包含基于无监督聚类得到的18个转录上不同的细胞簇划分,可供细胞类型层面的参照使用。

【质量与限制】

该数据集基于三名供者的死后视网膜组织,共20,009个细胞,识别出18个转录上不同的细胞簇,覆盖所有已知视网膜细胞类型。受供者数量与样本来源所限,其代表性范围以源站描述为界;其他质量评估指标与限制条件源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-MTAB-7316

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

E-MTAB-7316 成年人神经视网膜单细胞RNA测序 单细胞编码RNA的RNA测序 EFO EFO_0005684 智人 为了全面描绘人类视网膜中的细胞类型,我们对来自三名捐赠者死后获得的20,009个细胞进行了单细胞RNA测序,并汇编了

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