PXD002658：晶状体二硫键交联——年龄相关性人白内障与谷胱甘肽耗竭LEGSKO小鼠晶状体中高度保守且可被体外氧化模拟的β-晶体蛋白二硫化物组的证据

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002658

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

低谷胱甘肽水平与年龄相关性核性白内障（ARNC）中的晶状体蛋白氧化相关。为了解半胱氨酸残基氧化的作用，我们采用了一种新方法，利用2D-PAGE和蛋白质组学比较人白内障与谷胱甘肽耗竭的LEGSKO小鼠晶状体中的分子内与分子间二硫键交联，随后使用ICAT标记方法结合蛋白质组学，系统鉴定了体内和体外所有二硫键形成位点。富含分子内二硫键的晶状体蛋白在年轻的人晶状体和WT小鼠晶状体中含量丰富，但在老年时转变为多聚体分子间二硫键。这种转变在LEGSKO小鼠晶状体中约加速4倍。β-晶状体蛋白中的大多数半胱氨酸二硫键（人类βA4除外）在小鼠和人类中高度保守，并可通过H2O2氧化生成，而γ-晶状体蛋白氧化在人类白内障中选择性影响γC23/42/79/80/154、γD42/33和γS83/115/130，在小鼠中影响γB79/80/110、γD19/109、γF19/79、γE19、γS83/130和γN26/128。基于现有晶体结构的分析表明，需要构象变化才能暴露γC中的C42、C79/80、C154；γD中的C42、C33；以及γS中的C83、C115和C130。总之，虽然β-晶状体蛋白二硫键组在ARNC和LEGSKO小鼠中高度保守，并可通过体外氧化重现，但γ-晶状体蛋白中的一些二硫键形成位点需要先发生构象变化。总体而言，LEGSKO小鼠模型与ARNC高度相似。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。