视网膜发育与视杆细胞特化过程中的基因表达变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE59201

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

光感受器疾病统称为视网膜变性（RD），包括视网膜色素变性（RP）、视锥-视杆细胞营养不良和年龄相关性黄斑变性（AMD）。这些疾病大多源于遗传；超过200个基因中任何一个的个别突变均可导致RD，使得针对特定突变的疗法成本高昂得令人望而却步。更为优化的治疗方案，特别是针对晚期疾病，可能涉及将干细胞移植到视网膜的光感受器层或神经节细胞层。来自年轻小鼠视网膜的干细胞能够被移植，并能在成年视网膜中形成光感受器。这些细胞可在组织培养中生长，但无法再形成光感受器。我们利用基因芯片技术，研究了已失去光感受器潜能的培养视网膜祖细胞（RPCs）、出生后第1天（pn1）的视网膜与含有可移植光感受器的出生后第5天（pn5）视网膜之间的基因表达差异。同时，我们也对比了从pn5视网膜中通过FACS分选出的表达Rho-eGFP的视杆细胞光感受器与同一视网膜中Rho-eGFP阴性细胞的差异。

我们在多项比较中已鉴定出300多个在视杆光感受器发育中上调的基因，其中37个先前已被确认其突变可导致视网膜疾病。预计这项研究将使我们更接近于在培养环境中生成光感受器，从而为视网膜变性提供更好的治疗方法。此数据集也为那些致力于在视网膜变性患者中寻找新型视网膜病变基因的研究者提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。