两阶段激光诱导视网膜下纤维化小鼠模型转录组分析揭示AMD新型眼纤维化特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327158

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数据说明

视网膜下纤维化是新生血管性年龄相关性黄斑变性（nAMD）中不可逆视力丧失的主要原因，但其保守的分子特征仍有待充分阐明。利用两阶段激光诱导视网膜下纤维化小鼠模型的RPE/脉络膜进行RNA-seq，我们鉴定出一个新的核心眼纤维化特征，包含88个在急性至慢性阶段（损伤后第3–10天）持续上调的基因。该特征富集于上皮-间质转化、补体激活和炎症通路，呈脉络膜特异性表达，视网膜受累极少。在独立慢性小鼠数据和多个人类AMD数据集（外周视网膜、手术提取的CNV膜以及黄斑RPE/脉络膜）中的交叉验证证实，该特征在疾病晚期阶段呈进行性富集。在人纤维化组织中的免疫荧光验证了关键基因（Tenascin C、Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-1和Apelin receptor），并与肌成纤维细胞样细胞和小胶质细胞共定位。

这一持续存在且经跨物种验证的特征，可能凸显了保守的纤维化驱动因素，并为nAMD中的生物标志物开发及靶向抗纤维化治疗提供了一种转化工具。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。