人类胎儿葡萄膜单细胞测序数据集

该数据集为人类胎儿葡萄膜组织的单细胞RNA测序数据,覆盖受孕后12周和20周两个发育阶段,包含前部葡萄膜(睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)的细胞图谱

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基因组分类GPL246769606
GSE325954: Single-cell sequencing of the human fetal uveal tract

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

人类胎儿葡萄膜单细胞测序数据集

GSE325954 是一个聚焦人类胎儿葡萄膜组织的单细胞转录组数据集,通过对受孕后 12 周和 20 周两个关键发育阶段的组织进行单细胞 RNA 测序,构建了覆盖前部葡萄膜(睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)的细胞图谱。该数据集以单细胞分辨率刻画了葡萄膜在发育过程中的细胞组成特征,为研究葡萄膜的正常发育机制及相关疾病的发生机理提供了基础性数据资源。数据集归属于眼及附器疾病 / 其他分类,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,由 James、Draper 提交,发布时间为 Mar 25 202,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL24676 平台以及物种编号 9606,整体以 1 个数据文件的形式提供。

【数据集背景】

葡萄膜是眼球壁的中层结构,包含前部的睫状体与虹膜,以及后部的脉络膜与视网膜色素上皮,在视觉形成和眼内环境维持中具有重要作用。该数据集针对人类胎儿葡萄膜组织开展单细胞 RNA 测序,选取受孕后 12 周和 20 周两个发育阶段,旨在生成一份较为全面的细胞图谱。这一工作有助于在单细胞层面理解葡萄膜在关键发育窗口期的细胞构成,并为后续探索葡萄膜发育过程及相关疾病机制提供数据支撑。数据集所属分类为眼及附器疾病 / 其他,主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606。

【数据内容】

该数据集的核心内容是人类胎儿葡萄膜组织的单细胞 RNA 测序结果,覆盖受孕后 12 周和 20 周两个发育阶段。数据在单细胞分辨率上分别刻画了前部葡萄膜(睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)的细胞特征,形成了一份综合性的细胞图谱。数据集共包含 1 个文件,文件样例为 GSE325954_series_matrix.txt.gz。除上述内容外,源站未提供更细化的细胞类型注释、细胞数量或基因数量等信息。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 Single-cell sequencing of the human fetal uveal tract。测序对象为人类胎儿葡萄膜组织,采样发育阶段为受孕后 12 周和 20 周。作者为 James、Draper,发布时间为 Mar 25 202。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 和 9606,表明数据基于高通量测序的表达谱分析,涉及平台 GPL24676 以及物种编号 9606。除这些信息外,源站未提供样本采集地点、伦理审批信息或具体实验流程等细节。

【适用场景】

该数据集适用于在单细胞层面研究人类胎儿葡萄膜的发育过程,可用于比较受孕后 12 周与 20 周两个阶段前部葡萄膜(睫状体和虹膜)与后部葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)的细胞组成差异。同时,该数据也可为葡萄膜相关疾病机制的探索提供参考,例如围绕眼及附器疾病 / 其他这一分类方向开展的下游分析。由于数据以单细胞分辨率呈现,适合用于细胞图谱构建、发育阶段比较以及细胞异质性相关的研究场景。

【使用方法】

使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE325954_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式,读取时需按对应格式进行解压与解析。建议先在小样本上核对字段与编码,确认数据读取无误后,再批量接入后续分析流程。通过这种方式,可以在保证数据解析正确的前提下,将单细胞表达信息用于进一步的研究分析。

【质量与限制】

该数据集提供了受孕后 12 周和 20 周两个发育阶段的人类胎儿葡萄膜单细胞 RNA 测序数据,覆盖前部与后部葡萄膜区域,具有明确的发育阶段与组织区域指向。其文件数量为 1,文件样例为 GSE325954_series_matrix.txt.gz。除上述信息外,源站未提供关于测序深度、细胞捕获数、数据完整性或批次效应等方面的质量评估信息,也未提供明确的局限性说明,因此在使用时需结合具体分析目的自行评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 James、Draper,发布时间为 Mar 25 202,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 Single-cell sequencing of the human fetal uveal tract。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606。除这些信息外,源站未提供具体的引用格式、许可条款或使用限制说明,使用者在引用或再利用该数据集时,应另行查阅来源站点的相关说明。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE325954

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对受孕后12周和20周的人胎儿葡萄膜组织进行了单细胞RNA测序,以构建全面的细胞图谱。该数据集提供了关键发育阶段前葡萄膜(睫状体和虹膜)与后葡萄膜(脉络膜和视网膜色素上皮)的单细胞分辨率特征,有助于研究葡萄膜的发育及疾病机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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