CELF1通过直接抑制靶mRNA调控晶状体发育

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE313211

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因表达的精确转录后调控对脊椎动物晶状体发育至关重要。编码RNA结合蛋白CELF1的基因被破坏会导致小鼠早发性白内障。本研究利用晶状体中的iCLIP-seq技术，绘制了全转录组范围的CELF1结合位点，揭示了其与参与晶状体发育和病理过程的关键转录本3′UTR的相互作用，包括Pax6、Prox1、Jag1、Maf和Gja8。结合转录组数据和荧光素酶报告基因实验表明，CELF1结合通过使转录本不稳定和/或抑制其翻译来抑制靶mRNA。与此一致，Maf和Gja8在Celf1-cKO晶状体中表达上调。在非洲爪蟾中，强制过表达maf破坏了晶状体结构和眼形态，证实了CELF1介导的抑制在发育中的相关性。我们的研究揭示了一个转录后调控网络，其中CELF1通过在mRNA水平限制关键基因的表达来保障晶状体形态发生。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。