人类CRX通过双向转录调控视网膜类器官光感受器细胞发育

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE290304

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CRX（视锥-视杆同源盒）是视网膜光感受器发育的关键调控因子，然而由于人类视网膜组织稀缺且物种差异显著，其人类特异性功能仍知之甚少。在此，我们建立了人类CRX-mCherry荧光报告视网膜类器官（RO）模型，以解析CRX介导的基因调控。利用FACS、RNA-seq和CUT&Tag-seq，我们鉴定了CRX靶基因，并揭示了其双重调控作用：它以剂量依赖的方式激活光感受器特异性基因（如RP1L1，与遗传性视网膜变性相关），同时抑制非光感受器基因（如PCDH8和PROX1）。值得注意的是，我们首次生成了人类CRX CUT&Tag数据集，为CRX在光感受器细胞发育中的全基因组调控景观提供了直接见解。这些发现表明，CRX既作为转录激活因子又作为转录抑制因子发挥作用，确保光感受器特异性基因表达并防止异常细胞命运转变。我们的研究为人类CRX在视网膜发育中的作用提供了关键见解，并对视网膜退行性疾病具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。