GSE236904：整合单细胞多组学揭示晶状体发育与病理的基础调控机制 [CUT&RUN]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE236904

标准获取流程：

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数据说明

眼晶状体发育涉及上皮细胞向纤维细胞的分化，该过程缺陷会导致先天性白内障。我们报道了首个晶状体发育的单细胞多组学图谱，利用snRNA-seq、snATAC-seq和CUT&RUN-seq揭示了细胞命运决定的新机制及与白内障相关的调控网络。我们在纤维细胞分化的时间轨迹上建立了顺式和反式调控相互作用的全面图谱，包括与白内障相关的转录因子MAF。此外，我们揭示了细胞分化的保守表观遗传范式，其特征是H3K27甲基化写入器Polycomb抑制复合物2（PRC2）的渐进性丢失。PRC2定位于主调控转录因子基因体上的异染色质结构域，提示其保护上皮细胞命运。此外，我们证明体内FGF过度刺激导致MAF网络激活和新的晶状体细胞状态出现。总之，这些数据描绘了晶状体纤维细胞分化的全面图景，同时定义了细胞身份和白内障形成的调控效应因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。