时序晶状体基因表达微阵列分析以扩展眼基因发现工具iSyTE

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE100136

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：虽然生物信息学基因发现工具iSyTE（眼基因发现集成系统工具）已证明能有效识别新的白内障相关基因，但它主要依赖于仅三个野生型小鼠胚胎阶段的晶状体富集表达。为提高iSyTE的功效，我们分析了来自野生型和特定基因扰动突变小鼠的广泛胚胎期（E）和出生后（P）晶状体微阵列数据集，并开发了一个新的网络界面，以便有效访问和进行下游分析。方法：我们生成了五个新的小鼠晶状体微阵列，并与所有公开可用的Affymetrix和Illumina晶状体数据集一起进行了分析，这些数据集代表了以下阶段：E9.5、E10.25、E10.5、E11.5、E12.5、E15.5、E16.5、E17.5、E19.5、P0、P2、P4、P8、P12、P20、P28、P30、P42、P52、P56、P60，以及针对以下基因的小鼠突变体：Brg1、CBP:p300、E2f1:E2f2:E2f3、Foxe3、Hsf4、Klf4、Mafg:Mafk、Notch2、Pax6、Sparc、Tdrd7。

结果：整合的晶状体微阵列分析准确反映了已确立的基因表达模式，并定义了一个新的晶状体特征基因集，适用于胚胎期和出生后阶段，其中包括若干新候选基因，即Grifin、Ogn、Fabp5、Mboat1、Tmem40、Dhx32、Aldoc、Pgam2、Hmgn3、Mocs2、Gprc5b、Gstm1、Npl和Zbtb8b。对32种发育/遗传数据条件的联合分析，识别出若干可能在晶状体发育和/或稳态中发挥作用的新的转录和信号传导因子。结论：更新后的iSyTE网络界面：(1)全面提供了正常晶状体发育和白内障相关转录组动态的信息，并识别出这些过程中的新的高优先级候选因子；(2)提供了用户友好的可视化功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。