BAMS 患者全外显子组测序数据

数据可用于探索 BAMS 的遗传基础、筛选候选致病基因或变异,并支持基因型与表型关联分析等研究(来源 omicsdi.org)

omicsdi
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基因组分类Genomics
ena-DATASET-BAMS-05-01-2017-02:07:22:122-13 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-13

资源简介

BAMS 患者全外显子组测序数据

ena-DATASET-BAMS-05-01-2017-02:07:22:122-13 - samples 是一个面向眼及附器疾病领域、聚焦 Bosma arhinia microphthalmia syndrome(BAMS)的全外显子组测序数据集。该数据集收录了来自 7 个 BAMS 家系的 21 个样本,旨在为研究者提供从基因组层面探究该罕见综合征遗传基础的原始数据资源。作为一项与 Gordon 等发表于 Nature Genetics(2017)的研究相关的数据集合,它可用于候选致病基因或变异的筛选,以及基因型与表型关联分析等研究方向。数据集在主题上归属于 Genomics,并在本站分类中归入眼及附器疾病下的其他类别,来源站为 omicsdi.org。

【数据集背景】

Bosma arhinia microphthalmia syndrome(BAMS)是一种涉及眼及附器发育异常的罕见疾病。该数据集正是围绕这一疾病构建的全外显子组测序数据集合,其产生与 Gordon 等 2017 年发表于 Nature Genetics 的研究工作相关联。从疾病分类角度看,该数据集在本站被归入“眼及附器疾病 / 其他”类别,说明其应用领域与眼部及附属器官的疾病研究密切相关。数据集的英文名称为 ena-DATASET-BAMS-05-01-2017-02:07:22:122-13 - samples,主题标签为 Genomics,表明其核心内容属于基因组学范畴。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对 BAMS 患者开展的全外显子组测序数据。根据源站描述,数据集共包含 21 个样本,这些样本来自 7 个患有 BAMS 的家系。全外显子组测序意味着数据覆盖的是基因组中的蛋白编码区域,适合用于发现与疾病相关的编码区变异。样本以家系为单位组织,意味着数据在结构上支持家系内与家系间的比较分析。除上述样本数量、家系数量以及测序类型外,源站未提供关于数据文件格式、测序深度、覆盖度、变异注释情况等更细粒度的技术信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。源站描述明确指出,这是针对 BAMS 患者的全外显子组测序数据,包含来自 7 个家系的 21 个样本,并与 Gordon 等发表于 Nature Genetics(2017)的研究相关。数据集的英文名称中带有“ena-DATASET”字样,提示其可能与 ENA(European Nucleotide Archive)数据体系存在关联,但源站未就数据的具体提交机构、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息或原始测序平台等作出进一步说明。

【适用场景】

依据侧写线索中的短描述,该数据集可用于探索 BAMS 的遗传基础、筛选候选致病基因或变异,并支持基因型与表型关联分析等研究。具体而言,研究者可以利用这 21 个来自 7 个家系的样本,在家系结构下寻找与 BAMS 表型共分离的罕见变异,或通过群体层面的比较识别在患者中富集的候选基因。由于数据属于全外显子组测序,其典型用途集中在编码区变异的发现与解读,而非非编码区或结构变异的系统分析。除上述方向外,源站未提供其他明确的适用场景说明。

【使用方法】

源站未提供关于该数据集具体使用方法的说明,包括但不限于数据下载方式、文件组织格式、参考基因组版本、分析流程建议或配套工具等。研究者如需使用,应依据来源站 omicsdi.org 及数据集名称所指向的原始数据存档获取进一步的操作指引。

【质量与限制】

源站未提供关于该数据集质量评估的信息,例如测序质量值、覆盖均一性、样本污染检测或重复样本校验等。同时,源站也未说明该数据集在样本量、家系代表性、人群多样性或表型信息完整度方面的限制。已知的客观边界是:数据集包含 21 个样本、来自 7 个家系,且为全外显子组测序数据,因此其信息范围限于外显子区域,样本规模也相对有限。除此之外,源站未提供其他质量与限制方面的描述。

【引用与许可】

源站描述提及该数据集与 Gordon 等发表于 Nature Genetics(2017)的研究相关,这是目前可依据的引用线索。关于该数据集本身的许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时,应自行查阅来源站 omicsdi.org 及原始数据存档所附的许可与引用要求。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001003130

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Bosma无鼻小眼综合征(BAMS)患者全外显子组测序数据。该数据集包含来自7个BAMS家系的21个样本;参见Gordon等人,《自然·遗传学》,2017年。

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