小鼠眼晶状体与全胚胎对照发育时间序列

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-32334

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

识别参与眼部出生缺陷的基因仍然是一项挑战。为促进与白内障相关基因的识别，我们开发了iSyTE（整合系统工具用于眼基因发现；http://bioinformatics.udel.edu/Research/iSyTE）。iSyTE包含小鼠胚胎晶状体从基板内陷阶段过渡到囊泡形成阶段的微阵列基因表达谱。通过将晶状体微阵列表达谱与代表无眼部组织的全胚胎体（WB）的表达谱进行比较，我们识别了差异调控的基因。随后，利用这些数据生成了晶状体基因富集的排序列表，该列表可在UCSC基因组浏览器中作为iSyTE轨迹查看，以辅助识别具有晶状体功能的基因。我们在E10.5、E11.5和E12.5时期对小鼠胚胎晶状体进行了显微切割（每个时间点重复三次）。为了拥有适当的对照，我们还生成了这些时间点全胚胎体（WB）的基因表达谱。为了进行比较分析，我们还生成了E13.5牙胚组织及匹配的WB的基因表达谱。

这些表达谱用于识别在这些胚胎时间点上晶状体和牙齿特异性基因表达的富集情况。随后，该数据集被用于优先分析候选的白内障相关基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。