犬进行性视杆视锥变性-进行性视网膜萎缩与柯利眼异常商业基因检测数据集的全球频率分析数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.6djh9w17c

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 5.8 MB。

数据说明

已鉴定出数百种与犬类性状和疾病相关的遗传变异，并有商业检测提供。然而，关于等位基因和基因型频率在长时间连续时期内的地理分布及变化情况尚缺乏数据。本研究利用了一家商业基因检测公司（Optigen/Wisdom Panel，Mars Petcare Science & Diagnostics）提供的大量基因型数据，这些数据来自接受进行性视杆-视锥变性-进行性视网膜萎缩（prcd-PRA）G>A错义PRCD变异检测的犬只（n = 86,667）以及科利眼异常（CEA）相关NHEJ1缺失检测的犬只（n = 33,834）。采用卡方拟合优度检验、时间趋势图形分析和回归模型对这些数据进行分析，以评估检测结果随时间的变化情况。结果跨越十五年，涵盖82个国家和67个品种/品种混合。两种疾病在基因型频率上均表现出显著差异（prcd-PRA的p = 2.7 × 10−152，CEA的p = 0.023），且图形趋势相反。

回归模型显示，时间进展显著影响狗成为任一种疾病纯合子或杂合子的几率，品种和品种受欢迎程度等变量也具有同样影响。本研究表明，基因检测指导的繁殖决策能减少患病犬只的出生。然而，即使在检测可用十四年后，仍观察到携带疾病变异纯合子的犬只，尤其是prcd-PRA，这可能是由于未知携带者的交配所致。这表明，对犬群进行基因检测应当持续进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。