博士论文补充数据：CARD-RGI 完美与严格命中
该数据集包含来自博士论文的补充数据，涉及39株铜绿假单胞菌临床分离株的基因组序列，通过FASTA文件格式提供，并利用CARD-RGI工具分析抗生素耐药性基因的完美与严格命中结果，主要用于抗生素耐药性研究、角膜感染模型开发以及临床微生物基因组学分析，支持抗菌药物测试和感染性疾病研究。
基本信息
资源简介
该数据集是博士论文《用于抗菌药物测试的体外角膜感染模型的开发》（Lucy Urwin，2022年，IICD系）的补充数据。论文第四章描述了临床分离株的表征，包括来自印度海得拉巴LV Prasad眼科研究所的39株铜绿假单胞菌分离株。基因组测序由Microbes NG（LVP3-6）、谢菲尔德大学Luke Green博士（LVP3-6）以及韦洛尔基督教医学院Naveen Kumar博士（其他所有分离株）完成。FASTA文件使用综合抗生素耐药性数据库耐药基因标识符（CARD-RGI）进行分析。本文件包含由CARD-RGI识别的抗生素耐药性基因的完美和严格命中详情。数据集主要用于抗生素耐药性基因分析、角膜感染模型研究以及临床微生物基因组学领域。
下载信息
注册下载
Tips: 该数据集需要在对应的数据源网站注册通过后，才能进行数据下载，注册有对应要求，或者需要收费。
暂未开放公开下载
Tips: 该数据集属于公开下载，应该可以免费公开下载。
暂未开放有偿下载
Tips: 该数据集 Qianfanghub 可以协助提供有偿下载服务，注意，服务不针对数据相关产权，只是技术服务费。
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使用方式
数据集获取
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是博士论文《用于抗菌药物测试的体外角膜感染模型的开发》（Lucy Urwin，2022年，IICD系）的补充数据。论文第四章描述了临床分离株的表征，包括来自印度海得拉巴LV Prasad眼科研究所的39株铜绿假单胞菌分离株。基因组测序由Microbes NG（LVP3-6）、谢菲尔德大学Luke Green博士（LVP3-6）以及韦洛尔基督教医学院Naveen Kumar博士（其他所有分离株）完成。FASTA文件使用综合抗生素耐药性数据库耐药基因标识符（CARD-RGI）进行分析。本文件包含由CARD-RGI识别的抗生素耐药性基因的完美和严格命中详情。数据集主要用于抗生素耐药性基因分析、角膜感染模型研究以及临床微生物基因组学领域。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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