肥胖饮食敏感型、饮食抵抗型及瘦型人全血表达谱

该数据集为全基因组全血表达谱数据,覆盖肥胖饮食敏感型、肥胖饮食抵抗型及匹配的瘦型个体。饮食敏感或抵抗状态指低热量饮食方案下两组体重下降速率的差异

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
Whole blood expression profiling of obese diet-sensitive, obese diet-resistant and lean human subjects

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

肥胖饮食敏感型、饮食抵抗型及瘦型人全血表达谱

该数据集为全基因组全血表达谱数据,覆盖肥胖饮食敏感型、肥胖饮食抵抗型及匹配的瘦型个体。饮食敏感或抵抗状态指低热量饮食方案下两组体重下降速率的差异。研究对肥胖受试者与匹配良好的瘦型个体进行全血全基因组表达谱分析,通过生物信息学分析揭示转录变化,这些变化涉及的关键通路与肥胖受试者中因脂肪酸氧化驱动的线粒体ATP合成能力受损相一致,且这种特征见于对减重抵抗的肥胖受试者。数据集共分析80个样本,包括20名瘦型受试者在单一时间点的样本,以及20名肥胖受试者(10名饮食敏感型和10名饮食抵抗型)在热量限制期间三个时间点的样本。该数据集属于内分泌系统疾病/肥胖症分类,主题标签为转录组学。

【数据集背景】

肥胖症是内分泌系统疾病领域的重要研究方向,个体对饮食干预的减重反应存在明显差异。该数据集围绕肥胖饮食敏感型、肥胖饮食抵抗型与瘦型个体之间的全血基因表达差异展开,旨在从转录组层面刻画不同体重下降速率人群的生物学特征。源站描述指出,饮食敏感或饮食抵抗状态依据低热量饮食方案下两组体重下降速率的差异来界定,这为研究减重反应差异的分子基础提供了数据支撑。

【数据内容】

数据集为全基因组全血表达谱数据,样本覆盖三类人群:瘦型个体、肥胖饮食敏感型个体和肥胖饮食抵抗型个体。共分析80个样本,其中20名瘦型受试者在单一时间点接受研究;20名肥胖受试者(10名饮食敏感型、10名饮食抵抗型)在热量限制期间的三个时间点接受研究,分别为进入项目当天、项目第3周和项目第6周。主题标签为转录组学,数据聚焦于全血样本的基因表达谱。

【采集与来源】

数据来源于omicsdi.org,源站描述说明研究对肥胖受试者与匹配良好的瘦型个体进行了全血全基因组表达谱分析。肥胖受试者被划分为饮食敏感型和饮食抵抗型,划分依据是低热量饮食方案下观察到的体重下降速率差异。瘦型个体与肥胖受试者在设计上进行了良好匹配。样本采集时间点包括瘦型个体的单一时间点,以及肥胖受试者在热量限制方案中的三个时间点。

【适用场景】

该数据集适用于研究肥胖个体对低热量饮食干预的转录组反应差异,可用于比较饮食敏感型与饮食抵抗型肥胖个体在减重过程中的全血基因表达变化,也可用于与瘦型个体进行表达谱对照分析。源站描述提到,生物信息学分析揭示了与脂肪酸氧化驱动的线粒体ATP合成能力受损相一致的关键通路转录改变,因此该数据可用于探索减重抵抗相关的线粒体能量代谢通路研究。主题标签为转录组学,适合转录组水平的差异表达与通路分析等应用场景。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。数据集包含瘦型个体单时间点样本与肥胖受试者三个时间点的纵向样本,使用者可依据样本分组与时间点信息组织比较分析;具体分析流程、数据格式与处理步骤源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、批次效应、样本排除标准或技术验证等方面的具体信息。已知样本量为80个,包含瘦型个体20名(单一时间点)和肥胖受试者20名(10名饮食敏感型、10名饮食抵抗型,各3个时间点)。其他质量相关指标与限制条件源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-18897

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对肥胖受试者(定义为肥胖饮食敏感型和肥胖饮食抵抗型)以及匹配良好的瘦个体的全血进行了全基因组表达谱分析。饮食敏感或饮食抵抗状态是指在低热量饮食方案下两组观察到的不同减重速率。生物信息学分析显示,关键通路中的转录发生改变,这与对减重抵抗的肥胖受试者中脂肪酸氧化驱动的线粒体ATP合成能力受损相一致。共分析了80份样本。其中包括20名瘦受试者(在一个时间点研究)和20名肥胖受试者(10名饮食敏感型和10名饮食抵抗型,在热量限制期间的3个时间点研究:进入项目当天、项目第3周和项目第6周)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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