精子表观基因组在肥胖中受影响并在减重手术后动态变化 [Lean/Obese MNase]

该数据集来自 omicsdi.org，聚焦肥胖与减重手术对精子表观基因组的影响。数据覆盖瘦与肥胖男性的精子表观基因组比较，以及病态肥胖男性手术诱导减重前后的精子DNA甲基化变化

omicsdi

基因组分类Transcriptomics

The Epigenome of Spermatozoa is Affected in Obesity and Dynamically Changes after Bariatric Surgery [Lean/Obese MNase]

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

精子表观基因组在肥胖中受影响并在减重手术后动态变化 [Lean/Obese MNase]

该数据集英文名为 The Epigenome of Spermatozoa is Affected in Obesity and Dynamically Changes after Bariatric Surgery [Lean/Obese MNase]，来自 omicsdi.org，归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 肥胖症方向，主题标签为 Transcriptomics。数据集聚焦肥胖与减重手术对精子表观基因组的影响，覆盖瘦与肥胖男性的精子表观基因组比较，以及病态肥胖男性手术诱导减重前后的精子 DNA 甲基化变化。整体而言，该数据集为研究环境因素如何通过表观遗传途径影响人类配子、以及减重能否重塑精子表观遗传特征提供了数据基础，适用于肥胖遗传与代谢研究相关场景。

【数据集背景】

肥胖是一种可遗传的疾病，肥胖父亲的后代面临更高的肥胖风险。环境因素会在表观遗传层面影响体细胞组织，但这些因素对人类配子表观遗传模式建立过程的贡献尚不清楚。基于这一背景，相关研究提出假设：减重可以重塑人类肥胖状态下精子的表观遗传特征。该数据集即围绕这一假设，对瘦与肥胖男性精子的表观基因组进行比较分析，并在另一组病态肥胖男性中观察手术诱导减重对精子 DNA 甲基化的影响。

【数据内容】

对瘦与肥胖男性精子表观基因组的全面分析显示，两组在组蛋白定位方面相似，但小非编码 RNA 表达和 DNA 甲基化模式存在显著差异。在另一组病态肥胖男性队列中，手术诱导的减重与精子 DNA 甲基化的显著重塑相关，尤其是在与食欲中枢控制相关的遗传位置上。这些数据表明，人类精子表观基因组在环境因素作用下会发生动态变化。数据集主题标签为 Transcriptomics，覆盖瘦与肥胖男性的精子表观基因组比较以及减重前后的精子 DNA 甲基化变化。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述提及研究涉及瘦与肥胖男性精子的表观基因组分析，以及一组病态肥胖男性在手术诱导减重前后的精子 DNA 甲基化观察。关于样本采集的具体地点、时间、样本量、测序平台与实验流程等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肥胖症相关的表观遗传研究，尤其是精子表观基因组与小非编码 RNA 表达、DNA 甲基化模式的分析；也适用于评估减重手术对病态肥胖男性精子 DNA 甲基化影响的研究场景，包括对食欲中枢控制相关遗传位置的关注。此外，可用于探讨环境因素影响人类配子表观遗传模式的机制研究，以及肥胖遗传风险与父源表观遗传贡献相关的研究方向。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。使用者可依据数据集主题标签 Transcriptomics 及源站描述所涉及的精子表观基因组、小非编码 RNA 表达和 DNA 甲基化等内容，结合自身研究目的进行合理使用。具体的数据格式、处理流程与分析工具等信息，源站未提供。

【质量与限制】

源站描述未提供数据质量评估、样本规模、技术重复或验证实验等具体信息。该数据集基于特定人群（瘦与肥胖男性、病态肥胖男性）的精子样本，结论的外推范围需结合研究设计加以判断。关于数据完整性、批次效应及潜在混杂因素等信息，源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-74426

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源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-74426

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肥胖是一种可遗传的疾病，肥胖父亲的后代患肥胖症的风险更高。环境因素通过表观遗传机制影响体细胞，但这些因素对人类配子表观遗传模式建立的具体贡献尚不清楚。在此，我们提出假设：减重能够重塑人类肥胖者精子的表观遗传特征。对瘦者和肥胖者精子的表观基因组进行全面分析显示，两组间组蛋白定位相似，但小非编码RNA表达和DNA甲基化模式存在显著差异。在另一组病态肥胖男性队列中，手术诱导的减重与精子DNA甲基化的显著重塑相关，尤其是在与食欲中枢调控相关的基因位点上。我们的数据表明，人类精子的表观基因组在环境压力下会发生动态变化，并为肥胖如何将代谢功能障碍传递给下一代提供了见解。

检测13名瘦个体和10名肥胖个体精液的DNA甲基化状态、组蛋白保留情况及sncRNA表达；以及6名接受Roux-en-Y胃旁路术（GBP）的肥胖男性在三个时间点（术前约1周、术后1周及术后1年）精液的DNA甲基化状态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别