基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB115953：标准饮食或高脂饮食20周小鼠股四头肌空间转录组图谱

PRJEB115953 是一项围绕小鼠骨骼肌空间转录组展开的 BioProject 记录，其研究对象为喂食标准饮食或高脂饮食 20 周的小鼠股四头肌。该数据集通过空间转录组分析手段，对两种饮食条件下股四头肌的基因表达空间分布进行刻画，属于内分泌、营养和代谢疾病领域中与肥胖症相关的研究资源。BioProject 作为生物数据的集合性记录，旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该记录来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，主题标签归类为 Other，整体上为研究饮食诱导肥胖背景下骨骼肌转录组空间特征提供了数据基础。

【数据集背景】

该数据集对应的研究关注饮食因素对骨骼肌的影响，具体以小鼠为实验对象，设置标准饮食与高脂饮食两种喂养条件，持续时间为 20 周。高脂饮食长期喂养通常用于构建肥胖及代谢紊乱相关模型，而股四头肌作为重要的骨骼肌组织，其转录组层面的空间变化可能与代谢状态密切相关。该 BioProject 记录归属于内分泌、营养和代谢疾病分类下的肥胖症方向，说明其研究背景与肥胖相关的代谢改变存在关联。源站描述指出，BioProject 记录的作用在于汇集由单一机构或联合体发起的同一项研究计划所产生的生物数据，并为用户提供查找这些不同类型数据的统一入口。因此，该数据集可被视为一项针对饮食干预下骨骼肌空间转录组特征的研究计划的数据集合。

【数据内容】

该数据集的核心内容是对小鼠股四头肌进行空间转录组分析。实验条件包括喂食标准饮食或高脂饮食 20 周，即比较两种饮食模式下股四头肌的空间转录组图谱。空间转录组分析能够在保留组织空间位置信息的前提下检测基因表达，因此该数据集可能包含与股四头肌组织切片相关的空间基因表达信息。关于具体的样本数量、测序深度、基因数目、分析指标或数据文件类型等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject PRJEB115953，源站标题显示其与 BioProject ID 1493888 相关。数据由 NCBI BioProject 数据库收录，属于生物数据集合性记录。关于样本采集的具体地点、时间、操作流程、实验机构或研究人员等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与骨骼肌空间转录组、饮食诱导肥胖、内分泌与代谢疾病相关的探索性研究场景。研究人员可将其用于比较标准饮食与高脂饮食条件下小鼠股四头肌的空间基因表达特征，或作为肥胖症相关代谢研究中骨骼肌转录组空间信息的参考数据。此外，由于 BioProject 记录本身具有汇集同一研究计划多种数据类型的功能，该数据集也可用于了解该研究计划所生成的数据类型及其关联入口。关于该数据集在其他具体应用场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，利用 BioProject 提供的统一入口查找与该研究计划相关的数据链接。源站描述表明，BioProject 记录为用户提供单一位置以发现该项目所产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或参数设置等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其描述侧重于项目层面的数据汇集与索引。关于数据质量评估指标、样本质量、测序质量、批次效应或技术偏差等信息，源站未提供。此外，该记录的主题标签为 Other，可能意味着其在分类上不属于更具体的预设类别。使用者在解释和利用该数据集时，应结合源站提供的原始记录获取更多细节。关于该数据集在质量与限制方面的其他具体说明，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，记录标识为 PRJEB115953。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB115953

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB115953

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨骼肌内肌间脂肪组织（IMAT）的积聚与心血管代谢疾病相关，但其空间组织和分子驱动因素仍鲜有明确表征。为在股四头肌结构中绘制IMAT扩张图谱，对饮食诱导肥胖的雄性C57BL/6J小鼠组织切片进行了空间转录组学分析，这些小鼠分别接受60%千卡高脂饮食（HFD）或10%千卡低脂饮食（LFD）喂养20周。使用10x Genomics Visium平台生成空间分辨的基因表达谱，并将其与Perilipin（脂肪细胞标志物）和Laminin（肌纤维边界）的免疫荧光染色相结合，以将转录特征与组织形态学相关联。该数据集使得能够在饮食诱导肥胖背景下对与IMAT扩张相关的基因表达变化进行空间分辨研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别