骨关节炎与肥胖进展期滑膜组织免疫细胞单细胞分析
该数据集来自 NCBI GEO（GSE279621），聚焦骨关节炎与肥胖进展过程中滑膜组织免疫细胞的单细胞转录组分析。数据覆盖膝关节囊内多种免疫细胞群体的存在与命运，采用高通量测序进行表达谱分析，包含 1 个文件（GSE279621_series_matrix.txt.gz）
基本信息
资源简介
骨关节炎与肥胖进展期滑膜组织免疫细胞单细胞分析
GSE279621 是一个来自 NCBI GEO 的单细胞转录组数据集，聚焦于骨关节炎与肥胖进展过程中滑膜组织内免疫细胞的变化。该数据集利用转录组分析刻画了膝关节囊中多种免疫细胞群体的存在与命运，采用高通量测序进行表达谱分析。数据集归属于内分泌、营养和代谢疾病 / 肥胖症分类，由 Natalia Harasymowicz 提交，发布时间为 Oct 16 202，共包含 1 个数据文件，即 GSE279621_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集为研究肥胖背景下骨关节炎进展过程中滑膜免疫微环境的细胞组成提供了单细胞层面的表达谱资源。
【数据集背景】
骨关节炎是一种常见的关节疾病，其进展与肥胖等代谢因素存在关联。滑膜组织作为膝关节囊的重要组成部分，其中驻留和浸润的免疫细胞在关节微环境稳态与病理变化中扮演关键角色。该数据集正是围绕骨关节炎与肥胖进展这一背景，针对滑膜组织中的免疫细胞开展单细胞分析，旨在揭示不同免疫细胞群体在疾病进程中的存在状态与命运走向。源站描述指出，研究利用转录组分析对膝关节囊内多种免疫细胞群体进行了刻画，这为理解肥胖与骨关节炎交互作用下的免疫细胞动态提供了数据基础。
【数据内容】
该数据集的核心内容是来自滑膜组织免疫细胞的单细胞转录组表达谱。源站描述表明，分析覆盖了膝关节囊中多种免疫细胞群体的存在与命运。数据集主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL34328 和 10090，表明其采用高通量测序方式进行表达谱分析，并关联特定的平台与物种信息。数据集仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE279621_series_matrix.txt.gz，属于系列矩阵文件形式，通常用于汇总样本层面的表达信息。数据集的分类归属为内分泌、营养和代谢疾病 / 肥胖症，与其研究肥胖相关关节病变的定位一致。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO，源站地址为 ncbi.nlm.nih.gov，登录号为 GSE279621。源站标题为 Single cell analysis of immune cells from synovial tissues during the progression of osteoarthritis and obesity，直接点明了研究对象为骨关节炎与肥胖进展过程中的滑膜组织免疫细胞。数据由 Natalia Harasymowicz 提交，发布时间为 Oct 16 202。关于样本采集的具体流程、受试对象来源、组织处理方式以及测序平台的操作细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于骨关节炎与肥胖相关研究中的免疫细胞组成与表达特征分析。研究者可基于单细胞转录组表达谱，探讨滑膜组织中多种免疫细胞群体在疾病进展过程中的存在与命运变化，也可将其用于肥胖背景下关节微环境免疫细胞图谱的构建与比较。此外，该数据可用于高通量测序表达谱的二次分析，例如免疫细胞群体的识别与表达模式归纳。需要说明的是，具体分析方向应结合数据实际内容确定，源站未提供更细化的应用说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE279621_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，读取前需按相应格式进行解压或直接以支持 GZIP 的工具打开。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据结构和内容无误后，再进行批量接入与后续分析。由于数据集仅包含 1 个文件，使用时应以该系列矩阵文件为主要数据入口，结合表达谱分析的一般流程开展研究。关于具体的分析软件、参数设置与处理步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，数据规模相对有限，使用时应关注系列矩阵文件所涵盖的样本与字段范围。源站描述较为概括，仅说明利用转录组分析刻画了膝关节囊内多种免疫细胞群体的存在与命运，未提供样本量、测序深度、细胞数量等具体质控指标。数据集的发布时间标注为 Oct 16 202，年份信息不完整。关于数据质量评估、批次效应、缺失值处理等细节，源站未提供。因此，在开展分析前应自行核对数据完整性与适用性。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Natalia Harasymowicz，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，登录号为 GSE279621。使用时应遵循 NCBI GEO 的相关数据使用与引用规范，并在研究成果中标注数据集来源。关于该数据集的具体许可条款、使用限制以及推荐引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279621
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
利用转录组分析，我们描述了膝关节囊中发现的多种免疫细胞群体的存在及其命运。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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