GSE120748:小鼠脂肪组织转录组分析
该数据集为小鼠脂肪组织的转录组分析数据,来源于NCBI,包含1个文件(GSE120748_series_matrix.txt.gz),主题标签涉及高通量测序表达谱分析

基本信息
资源简介
GSE120748:小鼠脂肪组织转录组分析
GSE120748 是一个聚焦于小鼠脂肪组织转录组分析的数据集,来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),在本站归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 肥胖症方向。该数据集的主题标签涉及表达谱分析、高通量测序、GPL19057 平台以及物种编号 10090(小鼠),整体以高通量测序手段刻画脂肪组织的基因表达情况。数据集共包含 1 个文件,即 GSE120748_series_matrix.txt.gz,以 GZIP 压缩格式提供。源站描述提到,高脂/高蔗糖(HF/HS)介导的免疫与炎症相关基因的功能富集在 AOF 补充后趋于正常,提示该数据集可用于考察饮食干预对脂肪组织转录组的影响。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面作进一步说明。
【数据集背景】
该数据集围绕小鼠脂肪组织的转录组展开,属于内分泌、营养和代谢疾病领域中与肥胖症相关的研究方向。源站描述指出,研究关注高脂/高蔗糖(HF/HS)条件下免疫与炎症相关基因的功能富集现象,并报告这种富集在 AOF 补充后向正常方向转变。由此可以看出,数据集所对应的研究背景涉及饮食因素对脂肪组织基因表达的影响,尤其是免疫与炎症相关通路在其中的表现。数据集作者为 Virginie,Aires,发布时间为 Oct 02 201(源站所载日期原文如此)。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE120748_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。从主题标签看,数据属于 Expression profiling by high throughput sequencing(高通量测序表达谱分析),涉及 GPL19057 平台与物种 10090(小鼠)。源站标题为“Transcriptome analysis of mice adipose tissues”,表明数据内容为小鼠脂肪组织的转录组分析结果。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、分组设计、具体基因列表或表达矩阵字段构成的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),源站标题为“Transcriptome analysis of mice adipose tissues”。数据集在本站被归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 肥胖症。作者信息为 Virginie,Aires,发布时间为 Oct 02 201。关于样本采集的具体组织部位、动物品系、饲养条件与测序细节,源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息,该数据集适用于小鼠脂肪组织转录组表达谱的查看与分析,可用于关注高通量测序表达谱的研究场景,并与肥胖症及内分泌、营养和代谢疾病方向相关。结合源站描述,其潜在用途包括考察 HF/HS 饮食条件下免疫与炎症相关基因功能富集的变化,以及 AOF 补充对该富集趋势的影响。关于更具体的分析场景与验证用途,源站未提供。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE120748_series_matrix.txt.gz,按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段或编码不一致导致后续处理出错。关于该系列矩阵文件的具体字段含义与解析方式,源站未提供。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件,规模信息有限;源站未提供样本量、重复数、测序深度、质控指标或数据完整性说明,因此无法据此评估数据质量。发布时间记为 Oct 02 201,年份信息不完整。使用时应以源站页面所载信息为准,并在分析前自行核对数据内容。除源站描述中提及的 HF/HS 与 AOF 相关结论外,源站未提供其他结果性说明。
【引用与许可】
数据集作者为 Virginie,Aires,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE120748
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们报告,高脂/高蔗糖(HF/HS)介导的免疫与炎症基因功能富集在补充抗氧化配方(AOF)后趋于正常。肥胖未必始终与代谢紊乱及晚年死亡率相关,这提出了“健康肥胖”这一颇具挑战性的概念。本研究中,高脂高蔗糖(HF/HS)喂养可导致高血糖和高胆固醇血症,增加氧化应激,升高内毒素血症,扩大脂肪组织(伴脂肪细胞增大、巨噬细胞浸润及胆固醇和氧固醇蓄积),并缩短肥胖小鼠的寿命。尽管肥胖持续存在,补充抗氧化配方可使血浆脂质和内毒素血症正常化,阻止脂肪组织中巨噬细胞募集,减少脂肪组织中胆固醇及胆固醇氧化物的蓄积,并延长寿命。HF/HS介导的免疫与炎症基因功能富集(尤其是对脂多糖的反应)在抗氧化配方作用下趋于正常。
结论是,通过抗氧化制剂长期限制脂肪组织中的免疫细胞浸润,可在不依赖体重和脂肪储存的情况下延长寿命。这构成了健康肥胖特征标志。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
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