尿液挥发组数据库

尿液在化合物组成上具有化学多样性,可让我们洞察来自食物、饮料、药物、环境污染物、内源性废物代谢物和细菌副产物的代谢分解产物

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文本尿液挥发组代谢组学内分泌与代谢疾病非靶向分析挥发性化合物化学分类
Urinary volatilome database

基本信息

模态
文本
大小
0.000338195 GB
许可
Creative Commons Attribution 4.0 International
创建/更新时间
2026-10-07
版本
v2

资源简介

尿液挥发组数据库

Urinary volatilome database 是一个聚焦尿液挥发性化合物组成的专业数据库,由 Llambrich, Maria、Brezmes, Jesús 与 Cumeras, Raquel 共同完成,机构为 Zenodo,于 2022 年发布。该数据集在本站归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他,来源站为 doi.org。尿液在化合物组成上具有化学多样性,可让我们洞察来自食物、饮料、药物、环境污染物、内源性废物代谢物和细菌副产物的代谢分解产物。该数据库系统整理了尿液挥发性组学的相关信息,旨在为无靶向分析提供首个专门的尿液挥发性化合物数据库,涵盖 841 种化合物,分属 80 个不同的化学类别,为代谢相关研究提供参考资源。

【数据集背景】

尿液在化合物组成上具有化学多样性,能够反映来自食物、饮料、药物、环境污染物、内源性废物代谢物以及细菌副产物的代谢分解产物。其中数百种属于挥发性化合物,然而此前其组成从未被详细提供,尿液挥发性组学无靶向分析所采用的方法学也未被系统阐述。该数据集正是在这一背景下建立,通过全面汇编文献,包括最新发表的研究报告,总结了尿液挥发性组学无靶向分析的关键要素,并讨论和比较了每个流程步骤的当前成果与局限。

【数据内容】

该数据库由 841 种化合物组成,这些化合物来自 80 个不同的化学类别。源站描述指出,这是首个专门的尿液挥发性化合物数据库。数据库内容涵盖从尿液处理到最终结果获得的全部信息,基于 34 项研究的检索整理。数据集包括的具体字段或结构细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的信息来源于对文献的全面汇编,包括最新发表的研究报告。共检索到 34 项研究,从中获取了从尿液处理到最终结果的全部信息。来源站为 doi.org,机构为 Zenodo,发布时间为 2022 年。作者为 Llambrich, Maria、Brezmes, Jesús 和 Cumeras, Raquel。更具体的采集方法、样本来源或数据提取流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于尿液挥发性组学的无靶向分析研究,可帮助研究人员了解尿液挥发性化合物的组成及其化学类别分布。由于尿液可反映食物、饮料、药物、环境污染物、内源性废物代谢物和细菌副产物的代谢分解产物,该数据库可用于代谢相关研究,尤其是在内分泌、营养和代谢疾病领域。此外,该数据库也可为方法学比较提供参考,因为源站描述中讨论并比较了每个流程步骤的当前成果与局限。其他具体应用场景,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。该数据集以数据库形式呈现,包含 841 种化合物和 80 个化学类别,用户可依据自身研究需求进行查询或参考。关于访问方式、数据格式、检索接口或分析工具等细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据库基于 34 项研究的文献汇编,提供了首个专门的尿液挥发性化合物数据库,涵盖 841 种化合物、80 个化学类别。源站描述中讨论了当前成果与局限,但未具体列出该数据集本身的局限性。关于数据完整性、准确性、覆盖范围或更新频率等质量指标,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。作者为 Llambrich, Maria、Brezmes, Jesús 和 Cumeras, Raquel,机构为 Zenodo,发布时间为 2022 年。引用时应遵循该许可要求,具体引用格式或推荐引用信息,源站未提供。

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源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.7385508

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 338.2 KB。

数据说明

尿液中的化合物化学多样性丰富,能让我们深入了解来自食物、饮品、药物、环境污染物、内源性废物代谢产物及细菌副产物的代谢分解产物。其中数百种为挥发性化合物;然而,其组成从未被详细提供,用于尿液挥发物组非靶向分析的方法学也未曾详述。在此,我们基于文献的综合汇编,包括最新发表的研究报告,总结了尿液挥发物组非靶向分析的关键要素。我们讨论并比较了每个处理步骤的当前成就与局限性。共找到34项研究,涵盖了从尿液处理到最终结果获取的所有信息。在此报告中,我们提供了首个专门的尿液挥发物组数据库,包含来自80个不同化学类别的841种化合物。该数据集包括了Llambrich M、Brezmes J、Cumeras R所著“生物医学应用中的非靶向尿液挥发物组:方法学与挥发物组数据库”中描述的研究方法概述。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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