人肾脏类器官缺氧损伤的空间图谱分析
该数据集来自一项空间转录组实验，研究人iPSC来源肾脏类器官在缺氧损伤下巨噬细胞可能发挥的修复与炎症作用，并与该模型中缺血性肾损伤与修复的更大规模研究相关联
基本信息
资源简介
人肾脏类器官缺氧损伤的空间图谱分析
该数据集名为 Spatial profiling of hypoxic injury in human kidney organoids，来源于 omicsdi.org，主题标签为 Other，本站分类归入内分泌、营养和代谢疾病 / 其他。数据集围绕一项空间转录组实验展开，研究人 iPSC 来源肾脏类器官在缺氧损伤条件下巨噬细胞可能发挥的修复与炎症作用，并与该模型中缺血性肾损伤与修复的更大规模研究相关联。其核心价值在于将空间转录组技术应用于人类诱导多能干细胞来源的肾脏类器官模型，以探索缺氧损伤后肾脏组织内不同空间位置上细胞类型、状态及其相互作用的改变，尤其是免疫细胞在损伤与修复过程中的潜在角色。该数据集与急性肾损伤、缺血再灌注、慢性肾脏病进展等临床问题密切相关，可为相关机制研究和转化探索提供空间层面的数据支持。
【数据集背景】
急性肾损伤（AKI）是一种常见临床疾病，与较高的发病率和死亡率相关。缺血是导致 AKI 的主要原因之一，肾脏血流减少会引发缺氧和肾单位上皮细胞死亡，损害其液体处理和废物清除等基本功能。虽然受损肾小管具有一定恢复能力，但严重损伤可能通过适应不良的修复过程导致慢性肾脏病（CKD），其特征包括上皮再生失败、炎症和代谢失调。免疫细胞对肾脏损伤与修复具有关键影响。该数据集所关联的研究正是在这一背景下，利用人 iPSC 来源肾脏类器官构建缺氧损伤模型，并通过空间转录组学手段，探讨巨噬细胞在损伤修复和炎症反应中的潜在作用。
【数据内容】
该数据集涉及一项空间转录组实验，研究对象为人 iPSC 来源的肾脏类器官，实验条件为暴露于缺氧损伤。其研究重点在于巨噬细胞在缺氧损伤后可能发挥的修复与炎症作用，并与更广泛的缺血性肾损伤与修复研究相联系。数据集的主题标签为 Other，本站分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、基因数量、空间分辨率、测序平台、数据文件类型或具体分析结果的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述，其关联的更大规模研究可参见 https://doi.org/10.1101/2023.10.04.558359。数据集英文名称为 Spatial profiling of hypoxic injury in human kidney organoids。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、实验操作细节以及数据生成平台等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究人 iPSC 来源肾脏类器官在缺氧损伤条件下的空间转录组特征，尤其适合关注巨噬细胞在肾脏损伤修复与炎症中潜在作用的研究。其关联背景涵盖急性肾损伤、缺血性肾损伤、肾小管上皮损伤与修复、慢性肾脏病进展中的适应不良修复、炎症和代谢失调等方向。由于数据集涉及空间转录组实验，也可用于探索肾脏类器官内不同空间区域的细胞状态和细胞间相互作用。但具体适用分析类型、可支持的假设检验范围以及是否适合特定疾病亚型研究，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具、代码示例或质量控制步骤等。使用者如需使用，应参考来源站 omicsdi.org 及关联 DOI 所指向的原始研究获取进一步信息。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估、批次效应、覆盖度、重复性、验证结果或技术限制的说明。该数据集基于人 iPSC 来源肾脏类器官模型，其与真实人体肾脏在结构、细胞组成和微环境方面可能存在差异，但源站未对此进行具体说明。此外，空间转录组技术本身可能存在的分辨率、捕获效率或数据稀疏性等问题，源站亦未提供相关讨论。
【引用与许可】
该数据集关联的更大规模研究链接为 https://doi.org/10.1101/2023.10.04.558359。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或版权信息，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE307588
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集涉及一项空间转录组学实验，研究巨噬细胞在暴露于缺氧损伤的人iPSC来源肾脏类器官中潜在修复和炎症作用，与在该模型中缺血性肾损伤和修复的更广泛研究相关（https://doi.org/10.1101/2023.10.04.558359）。急性肾损伤（AKI）是一种常见临床疾病，与高发病率和高死亡率相关。缺血是AKI的主要原因，肾脏血流减少引发缺氧和肾单位上皮细胞死亡，损害必需液体处理和废物清除功能。虽然受损肾小管具有一定恢复能力，但严重损伤可通过适应不良修复过程导致慢性肾脏病（CKD），其特征为上皮再生失败、炎症和代谢失调。免疫细胞在体内关键性影响肾脏损伤反应，组织驻留巨噬细胞驱动修复或有害炎症、纤维化和向CKD进展。
为补充先前的批量RNA测序分析，并探究巨噬细胞在急性肾损伤及组织微环境不良修复中的作用，我们将诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞整合入肾脏类器官中，并利用空间转录组学技术研究了它们对缺氧损伤的响应及对周围组织的影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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