布氏锥虫在哺乳动物宿主体内发育过程中总mRNA与多聚核糖体mRNA的调控
该数据集来自omicsdi.org，聚焦布氏锥虫在哺乳动物宿主体内发育过程中的基因表达调控，比较总mRNA与多聚核糖体mRNA
基本信息
资源简介
布氏锥虫在哺乳动物宿主体内发育过程中总mRNA与多聚核糖体mRNA的调控
该数据集英文名为 Regulation of Trypanosoma brucei total and polysomal mRNA during development within its mammalian host，来自 omicsdi.org，主题标签为 Transcriptomics，在本站归入内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类。数据集聚焦布氏锥虫（Trypanosoma brucei）在哺乳动物宿主体内发育过程中的基因表达调控，比较总 mRNA 与多聚核糖体 mRNA，用以观察锥虫从血流中的细长型向可传播的短粗型转变期间基因表达的变化。源站描述指出，该研究利用代谢标记对翻译进行定量，从而在相对纯化的细长型与短粗型群体以及两者之间的过渡阶段监测基因表达。整体而言，该数据集为理解锥虫在宿主体内发育过程中从翻译活跃、适应增殖的形态向翻译静止、适应传播的形态转变提供了转录与翻译层面的观察材料。
【数据集背景】
布氏锥虫的基因表达已在哺乳动物宿主血液中以及在其节肢动物媒介——采采蝇中肠内的形态中被广泛考察。然而，锥虫在哺乳动物血流中同样经历发育过程：它们从形态上的“细长型”经过若干形态中间阶段，逐步转变为可传播的“短粗型”。这一转变在第一次寄生虫血症期间随时间逐步推进，因此可以在相对纯化的细长型和短粗型群体中，以及在两者之间的过渡过程中监测基因表达。该发育过程也代表细胞从适应宿主内增殖的翻译活跃形态，向适应传播的翻译静止形态的推进。
【数据内容】
数据集围绕布氏锥虫在哺乳动物宿主体内发育过程中的总 mRNA 与多聚核糖体 mRNA 展开，属于转录组学主题。其核心内容是比较总 mRNA 与多聚核糖体 mRNA 在细长型、短粗型及其中间过渡群体中的表现，以反映基因表达与翻译状态的变化。源站描述提到使用代谢标记对翻译进行定量，但具体的基因数量、样本数量、测序平台与数据文件类型等信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述说明，研究在哺乳动物宿主血液中的锥虫群体上进行，利用第一次寄生虫血症期间形态转变随时间推进的特点，获取相对纯化的细长型与短粗型群体以及过渡阶段的样本，并采用代谢标记方法定量翻译。具体的采样时间点、宿主种类、样本处理流程与实验地点等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究布氏锥虫在哺乳动物宿主体内发育过程中的基因表达调控，特别是总 mRNA 与多聚核糖体 mRNA 之间的比较分析；也可用于探讨锥虫从翻译活跃的增殖形态向翻译静止的传播形态转变时的转录与翻译层面变化。对于关注寄生虫发育生物学、宿主—寄生虫相互作用以及转录组学分析的研究者，该数据集可作为相关分析的参考材料。其他具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、分析流程与推荐工具等信息。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、误差来源或使用限制的说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-46388
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
布氏锥虫的基因表达已在哺乳动物宿主的血液中以及在其节肢动物媒介——采采蝇中肠内存在的形态中得到了广泛研究。然而，锥虫在哺乳动物血流中也会经历发育过程，从形态学上的“细长型”经过形态中间型逐步转变为可传播的“粗短型”。这一转变在第一次寄生虫血症期间随时间逐步推进，因此可以在相对纯的细长型和粗短型群体中以及在这些极端形态之间的过渡过程中监测基因表达。该发育过程也代表了细胞从适应宿主增殖的翻译活跃型向适应传播的翻译静止型的转变。我们利用代谢标记技术定量了细长型、粗短型以及在体外早期分化为前循环型过程中的锥虫的翻译活性。
此后，我们考察了在哺乳动物血液中整个发育过程（细长型、中间型与短粗型）中富集的总mRNA群体，而不论菌株差异，从而揭示了那些表现出持续发育调控而非样本特异性变化的转录本。我们还鉴定了在短粗型和细长型中与多聚核糖体共沉降的转录本，这些转录本富集了在传播前逃避翻译抑制的转录本。综合来看，我们定义了锥虫在哺乳动物血液中发育过程中转录本的表达及其与多聚核糖体的关联，为锥虫研究人员提供了资源。这有助于识别那些在血液中受发育调控的转录本，以及那些可能在短粗型的存活和传播能力中发挥作用的转录本。生命周期各阶段基因表达的考察。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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