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创建/更新时间

2016-09-27

资源简介

PXD002317：野生型与 daf-2 秀丽隐杆线虫蛋白质周转

PXD002317 数据集聚焦于秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）中蛋白质周转的比较研究，核心是比较野生型（wt）与胰岛素/胰岛素样生长因子受体突变体 daf-2 之间单个蛋白质的降解与更新特征。研究采用氮-15 稳定同位素标记结合液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术，在活体水平追踪蛋白质半衰期的变化。该数据集属于内分泌、营养和代谢疾病领域的其他类目，来源于 ebi.ac.uk。其科学意义在于挑战了“增强蛋白质周转可延缓衰老”的传统假说，揭示 daf-2 突变体中多数蛋白质半衰期反而延长，尤其影响翻译机器和线粒体组分，为理解长寿机制提供了蛋白质动态层面的直接证据。

【数据集背景】

衰老研究中的主流假说认为，衰老源于各类损伤的累积，导致生理功能逐渐衰退并最终死亡。按照这一逻辑，通过增强蛋白质周转来避免受损蛋白质积累，应当能够延缓衰老并延长寿命。然而，在秀丽隐杆线虫中，降低翻译效率却延长而非缩短了寿命，这一矛盾现象促使研究者深入探究蛋白质周转与长寿之间的关系。胰岛素/胰岛素样生长因子受体（IGF-1受体）突变体 daf-2 是经典的寿命延长模型，该数据集正是围绕这一保守信号通路突变体展开，系统比较野生型与 daf-2 突变体中单个蛋白质的周转情况，以检验“高蛋白质周转支持长寿”这一假设是否成立。

【数据内容】

该数据集包含野生型与 daf-2 突变体秀丽隐杆线虫中单个蛋白质的周转数据。研究通过氮-15 稳定同位素标记追踪蛋白质的合成与降解动态，并结合 LC-MS/MS 进行检测。结果显示，daf-2 突变体中大多数蛋白质表现出延长的半衰期，而另一些蛋白质的半衰期则保持不变。这一分布特征表明，长寿并不依赖于高水平的蛋白质周转。进一步观察发现，蛋白质周转的减慢在翻译机器组分和线粒体组分中最为显著。与之相对，源站描述在提及“高周转”时被截断，未提供完整信息。主题标签涵盖秀丽隐杆线虫、周转、氮-15，以及 NEWT 数据库中的物种标识（NEWT:6239，Caenorhabditis elegans）和 MS 相关参数（MS:1000449，LT，名称被截断）。

【采集与来源】

数据来源于 ebi.ac.uk。实验对象为秀丽隐杆线虫，包括野生型与 daf-2 突变体。所采用的技术路线为：在秀丽隐杆线虫中实施氮-15 稳定同位素标记，随后结合 LC-MS/MS 进行蛋白质周转分析。该组合方法允许在个体蛋白质水平上评估半衰期变化。源站描述未提供样本量、重复次数、具体质谱仪器型号、色谱条件或标记持续时间等实验细节。

【适用场景】

该数据集适用于研究衰老机制、蛋白质稳态、胰岛素/胰岛素样生长因子信号通路以及翻译机器与线粒体功能在寿命调控中的作用。具体而言，可用于检验蛋白质周转与长寿之间的因果关系，比较野生型与 daf-2 突变体的蛋白质降解动力学，或作为蛋白质组学中稳定同位素标记结合质谱分析的方法学参考。此外，由于涉及内分泌、营养和代谢疾病分类，该数据也可能为代谢与衰老相关研究提供线索。源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具。用户需参考来源站 ebi.ac.uk 上的原始条目获取进一步操作指引。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、技术重复、生物学重复、统计显著性、覆盖率或假阳性率等信息。已知限制包括：源站描述在“In contrast, the high turnover of”处中断，未完整呈现高周转相关蛋白质类别的结论；主题标签中 MS 参数名称亦被截断。此外，该数据集仅针对秀丽隐杆线虫的 daf-2 模型，结论向其他物种或衰老模型的推广需谨慎。源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用格式、许可协议或使用条款信息。用户应直接访问 ebi.ac.uk 上的 PXD002317 条目以获取授权与引用要求。

原始链接

https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002317

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002317

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

大多数衰老假说都围绕某种损伤的累积展开，这种累积导致生理功能逐渐衰退并最终死亡。通过增强周转来避免蛋白质损伤积累，应当能够延缓衰老过程并延长寿命。然而，在秀丽隐杆线虫中，降低翻译效率反而延长而非缩短了寿命。我们通过将秀丽隐杆线虫中的氮-15稳定同位素标记与LC-MS/MS相结合，研究了保守的胰岛素/胰岛素样生长因子（IGF-1）受体突变体daf-2中单个蛋白质的周转。有趣的是，大多数蛋白质在daf-2中表现出延长的半衰期，而其他蛋白质则保持不变，这表明长寿并非由高蛋白质周转所支持。这种蛋白质周转的减慢在翻译机器和线粒体的组分中最为显著。相比之下，溶酶体水解酶的高周转和细胞骨架蛋白的极低周转在daf-2中基本保持不变。

蛋白质动力学的减缓以及翻译机制丰度的下降可能表明，合成代谢衰减在延长寿命中具有重要性，正如超功能理论所暗示的那样。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别