COVID-19鼻拭子蛋白质组与代谢组分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A4e1a8e0b158e261eefeb69baf4733678a535a23b8712fe4793d83a9ba5821645

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

上皮屏障的主要作用是防止外来和致病元素的进入。研究对健康个体和COVID-19确诊病例在阳性确认后24小时内及感染后3周内的鼻拭子采用了全局和靶向方法，以观察蛋白质组和代谢组的变化。我们发现，色氨酸/犬尿氨酸代谢通路是经典和非经典转录激活、巨噬细胞释放细胞因子以及随着严重程度和病程进展免疫与代谢状态显著变化的关键调控点。本研究中，鼻上皮拭子由参与者自行采集。拭子重悬于含6mg 1.0 mm氧化锆珠的80%甲醇中，并使用细胞剪切法提取蛋白质和代谢物。该方法在Wasinger等人，2020年的文献中有描述[1]。蛋白质被沉淀，含代谢物的上清液储存于-80°C直至需要时使用。蛋白质沉淀物重悬于消化缓冲液中，并用50 µg胰蛋白酶在室温下过夜酶解处理。

蛋白质组质谱分析 质谱分析使用QExactive（Thermo Electron，不来梅，德国）以DDA模式进行，取1.5 μg（从10 μL中取2.0 μL），方法如先前所述[2]。肽段采用H2O:CH3CN（98:2，0.1%甲酸）至H2O:CH3CN（64:36，0.1%甲酸）的线性梯度洗脱，流速250 nL/min，洗脱时间60 min。统计分析 蛋白质鉴定使用Mascot Daemon v2.5.1（Matrix Science，伦敦，英国）检索SwissProt和SARV19数据库（下载于2月…，Microsoft Word Microsoft Excel ThermoFisher Xcalibur（*.raw）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。