PRJNA1390300：Cutibacterium acnes 菌株特异性变异及其在人体皮肤中的作用
Cutibacterium acnes 在皮脂丰富的皮肤部位占主导地位，但其在健康与疾病中的作用仍不清楚。不同菌株在不同皮肤区域共存，然而其代谢多样性和生态位适应尚未得到充分表征
基本信息
资源简介
PRJNA1390300：Cutibacterium acnes 菌株特异性变异及其在人体皮肤中的作用
痤疮丙酸杆菌（Cutibacterium acnes）在皮脂丰富的皮肤部位占据主导地位，但其在健康与疾病中的具体作用至今仍不明确。不同菌株可在不同皮肤区域共存，然而这些菌株的代谢多样性及其对生态位的适应机制尚未得到充分表征。该数据集围绕菌株特异性变异如何塑造痤疮丙酸杆菌在人体皮肤中的角色展开，整合了泛基因组学、代谢模型与实验测定等多层次研究手段，旨在探索健康相关与痤疮相关背景下菌株特异性代谢的差异。研究构建了大规模基因组尺度代谢模型，并在多种营养条件下预测表型，进而识别能够区分痤疮相关菌株与健康相关菌株的营养利用模式及关键分类特征，为理解该菌在皮肤微生态中的功能分化提供了数据基础。
【数据集背景】
痤疮丙酸杆菌是皮脂丰富皮肤部位的优势菌群，但其在维持皮肤健康与参与疾病发生中的双重角色长期存在争议。不同菌株在不同皮肤区域共存的现象提示，菌株层面的代谢差异可能是其功能分化的重要基础。然而，针对这些菌株的代谢多样性及其生态位适应策略，此前的研究仍缺乏系统刻画。该数据集正是针对这一空白，结合泛基因组学、代谢模型与实验验证，聚焦健康与痤疮相关情境下菌株特异性代谢的变异规律。
【数据内容】
该数据集的核心内容包括大规模 curated 基因组尺度代谢模型，共涉及 172 个模型。基于这些模型，研究在 972 种营养条件下进行了表型预测，揭示了系统发育群特异性的代谢能力，其中包括共享的以及菌株特异性的氨基酸营养缺陷型。营养利用模式能够区分痤疮相关菌株与健康相关菌株，并通过决策树方法识别出关键分类特征，例如 D-葡萄糖酸（D-gluconate）和 1-O-甲基-β-D-葡萄糖醛酸（1-O-methyl-beta-D-glucuronate）。此外，利用皮肤分离株进行的实验验证确认了这些分类特征具有较高的预测准确性。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。数据集英文名称为“PRJNA1390300: Strain-specific variation in Cutibacterium acnes shapes its role in human skin”。在本站分类中，该数据集归属于“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”类别。关于样本采集的具体地点、时间、人群特征及分离株的详细来源信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究痤疮丙酸杆菌菌株特异性代谢与皮肤健康及痤疮发生之间关系的场景。具体而言，可用于分析不同系统发育群的代谢能力差异、探索氨基酸营养缺陷型的分布规律、评估营养利用模式作为菌株分类依据的可行性，以及验证 D-葡萄糖酸和 1-O-甲基-β-D-葡萄糖醛酸等代谢特征在区分痤疮相关与健康相关菌株中的分类效能。此外，该数据集也可为皮肤微生物组代谢建模、生态位适应机制研究以及潜在标志物筛选提供参考。
【使用方法】
该数据集的使用需结合泛基因组学、基因组尺度代谢模型与实验测定等多层次数据。研究者可基于 172 个 curated 基因组尺度代谢模型，在 972 种营养条件下重现表型预测，进而分析系统发育群特异性能力及氨基酸营养缺陷型。营养利用模式可用于区分痤疮相关与健康相关菌株，决策树中识别的关键分类特征如 D-葡萄糖酸和 1-O-甲基-β-D-葡萄糖醛酸可作为分类依据。实验验证部分则依赖皮肤分离株对分类特征进行确认。关于数据的具体文件格式、访问方式、下载链接及分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集通过泛基因组学、代谢模型与实验验证相结合的方式，对分类特征进行了确认，并报告了较高的预测准确性。然而，关于数据的具体质量评估指标、模型覆盖度、样本量代表性、实验验证的详细统计结果以及潜在偏差，源站未提供。此外，数据集在健康与痤疮相关情境下的适用性可能受限于所纳入菌株的范围和营养条件的设定，具体限制信息源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及版权信息，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1390300
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
痤疮丙酸杆菌在皮脂腺丰富的皮肤部位占主导地位，但其在健康与疾病中的作用仍不明确。不同菌株在不同皮肤区域共存，但其代谢多样性和生态位适应性特征尚不充分。本研究结合泛基因组学、代谢模型和实验测定，探讨了健康与痤疮相关背景下菌株特异性代谢的变异。利用172个精选的基因组尺度代谢模型，我们预测了972种营养条件下的表型，揭示了系统发育群特异性的能力，包括共享的和菌株特异性的氨基酸营养缺陷型。营养利用模式能够区分痤疮相关菌株与健康相关菌株，决策树识别出D-葡萄糖酸和1-O-甲基-β-D-葡萄糖醛酸等关键分类因子。对皮肤分离株的实验验证以高预测准确度和灵敏度证实了这些分类因子。我们进一步证明，痤疮丙酸杆菌菌株在与其他营养物质共利用时能够代谢皮肤相关底物，包括长链脂肪酸，这一预测经实验验证。这些发现建立了一个预测痤疮丙酸杆菌功能框架。
痤疮丙酸杆菌的代谢及其在人体皮肤中菌株特异性的作用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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