PRJNA1335197:DHT处理后原代间皮细胞中雄激素受体结合位点的全基因组分析

该数据集来自NCBI,对雌性小鼠原代间皮细胞在DHT处理与未处理条件下的雄激素受体结合位点进行全基因组Cut&Tag测序分析

sra
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时间序列分类Epigenomics
PRJNA1335197: Genome-wide profiling of androgen receptor binding sites in primary mesothelial cells following DHT treatment

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1335197:DHT处理后原代间皮细胞中雄激素受体结合位点的全基因组分析

PRJNA1335197 数据集来自 NCBI,主题为表观基因组学(Epigenomics),聚焦雌性小鼠原代间皮细胞在双氢睾酮(DHT)处理与未处理条件下雄激素受体(AR)结合位点的全基因组分布。研究采用基于 AR 抗体的 Cut&Tag 测序技术,对 AR 在间皮细胞基因组上的直接结合靶点进行系统刻画,旨在从染色质层面揭示雄激素受体信号在间皮细胞中的转录调控作用。该数据集属于内分泌、营养和代谢疾病相关研究方向,为理解雄激素过多状态下间皮细胞功能改变的分子机制提供了全基因组层面的实验数据基础。

【数据集背景】

内脏脂肪组织(VAT)被单层间皮细胞包被,间皮细胞以保护和修复功能著称,但其在代谢情境中的更广泛功能角色仍研究不足。在患高雄激素血症的女性中,可观察到间皮层的破坏以及 VAT 内间皮细胞丰度的显著减少。鉴于高雄激素血症主要表现为双氢睾酮(DHT)水平升高,而 DHT 通过雄激素受体(AR)激活信号传导,研究者据此提出假说:异常的 AR 信号传导参与间皮细胞功能障碍。为鉴定介导该效应的 AR 直接基因组靶点,研究者对接受 DHT 处理与未处理的雌性小鼠原代间皮细胞开展了全基因组 AR 结合位点分析。

【数据内容】

该数据集的核心内容为雌性小鼠原代间皮细胞在 DHT 处理与未处理两种条件下的全基因组 AR 结合位点图谱,通过基于 AR 抗体的 Cut&Tag 测序获得。数据可用于比较两种条件下 AR 在基因组上的结合分布差异,进而识别 AR 直接调控的基因组靶区域。数据集的主题标签为表观基因组学,属于内分泌、营养和代谢疾病分类下的其他类别。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验材料为雌性小鼠的原代间皮细胞,实验分组包括 DHT 处理组与未处理组,检测手段为基于 AR 抗体的 Cut&Tag 测序,用于全基因组范围刻画 AR 结合位点。样本的具体数量、测序平台、测序深度、数据规模等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究雄激素受体信号在间皮细胞中的直接转录调控作用,可用于分析 DHT 处理前后 AR 结合位点的全基因组变化,识别 AR 的直接基因组靶点,并支持探讨高雄激素状态下内脏脂肪组织间皮细胞功能障碍的表观遗传机制。其表观基因组学属性也使其可用于染色质结合谱相关的比较分析研究。

【使用方法】

源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1335197

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

内脏脂肪组织(VAT)由单层间皮细胞包被,间皮细胞以其保护和修复功能而著称。然而,间皮细胞更广泛的功能作用,尤其是在代谢背景下的作用,仍鲜有探索。在高雄激素血症女性中,我们观察到VAT内间皮层的破坏以及间皮细胞丰度的显著减少。鉴于高雄激素血症主要表现为双氢睾酮(DHT)水平升高,而DHT通过雄激素受体(AR)激活信号传导,我们推测异常的AR信号传导导致了间皮细胞功能障碍。为鉴定介导这一效应的AR直接基因组靶点,我们采用基于AR抗体的Cut&Tag测序方法,对接受或未接受DHT处理的雌性小鼠原代间皮细胞中的AR结合位点进行了全基因组分析。我们的分析揭示Inmt基因是AR信号传导的关键下游靶点。我们提出,AR对Inmt的结合及转录调控导致内质网(ER)应激和凋亡通路的激活,最终促进间皮细胞凋亡。

该数据集提供了间皮细胞中AR顺反子组的全面图谱,并为高雄激素血症与内脏脂肪组织间皮细胞丢失之间的分子机制提供了关键见解。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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