PRJNA1259468：与年龄和疾病相关的奶牛血液DNA甲基化变化

数据聚焦奶牛血液中与年龄和疾病相关的 DNA 甲基化变化，属于表观基因组学范畴。可用于研究奶牛血液 DNA 甲基化随年龄及疾病状态的变化模式，并支持基于甲基化特征的年龄或疾病相关分类分析（来源 NCBI）

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基因组分类Epigenomics

PRJNA1259468: Changes in DNA Methylation in Cow Blood Associated With Age and Disease

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1259468：与年龄和疾病相关的奶牛血液DNA甲基化变化

PRJNA1259468 是一个聚焦于奶牛血液中 DNA 甲基化变化的研究项目，全称为“Changes in DNA Methylation in Cow Blood Associated With Age and Disease”。该项目关注的核心问题是：随着奶牛年龄增长以及疾病状态的变化，其血液中的 DNA 甲基化模式会发生怎样的改变。这一主题属于表观基因组学范畴，同时在本站被归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他方向。整体来看，该数据集为研究者提供了一个围绕奶牛血液样本、以甲基化为切入点探索年龄与疾病关联的数据资源，可用于观察甲基化随年龄及疾病状态的变化趋势，并支持基于甲基化特征的年龄或疾病相关分类分析。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 记录。BioProject 是围绕某一项单一研究计划或倡议而汇集的一组生物学数据，这些数据来自单一机构或联合体。BioProject 记录的作用，是为用户提供一个统一的入口，以便查找该项目所产生的多种类型的数据。PRJNA1259468 正是这样一个记录，其主题为奶牛血液中与年龄和疾病相关的 DNA 甲基化变化，主题标签为 Epigenomics，即表观基因组学。

【数据内容】

该数据集的内容围绕奶牛血液中的 DNA 甲基化变化展开，重点关注两个变量：年龄和疾病。其研究目标在于揭示甲基化模式如何随年龄增长以及疾病状态而发生改变。从表观基因组学的角度看，这类数据可用于刻画甲基化特征在个体生命周期和病理条件下的动态变化。本站将其归入内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类，说明该数据在应用层面可能与代谢及内分泌相关疾病的研究存在关联。除上述主题信息外，关于样本数量、甲基化位点数量、测序深度、具体疾病种类等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 形式组织。BioProject 作为一项研究倡议的数据集合，通常汇集由单一机构或联合体产生的多种数据类型。该记录本身并不限定具体的数据类型，而是提供指向该项目所生成各类数据的链接入口。关于样本采集地点、采集时间、奶牛品种、饲养条件、实验设计等具体采集信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题，该数据集可用于研究奶牛血液 DNA 甲基化随年龄及疾病状态的变化模式。具体而言，可支持基于甲基化特征的年龄或疾病相关分类分析。在表观基因组学研究中，这类数据有助于探索年龄相关的甲基化改变是否可作为生物标志物，以及疾病状态是否伴随特定的甲基化特征。此外，由于本站将其归入内分泌、营养和代谢疾病 / 其他分类，该数据也可能为代谢相关疾病与表观遗传修饰之间关系的研究提供参考。关于具体的分析流程、模型构建方法或验证结果，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录的形式提供，用户可通过 NCBI 的 BioProject 入口查找该项目所关联的多种数据类型。BioProject 的设计目的正是让用户在一个统一位置找到项目所产生的各类数据链接。因此，使用该数据集时，研究者应先访问该 BioProject 记录，再根据记录中提供的链接获取具体数据。关于数据下载格式、预处理步骤、分析工具或代码等具体使用方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其本身是项目层面的元数据集合，而非直接的分析结果。BioProject 记录提供的是指向项目所生成数据的链接，因此数据的具体质量取决于所链接的原始数据。关于该数据集的样本量、数据完整性、批次效应、测序质量、统计功效等质量指标，源站未提供。此外，该数据集聚焦于奶牛血液这一特定样本类型，其结论能否推广至其他组织或其他物种，源站未提供相关信息。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 记录，源站标题为 BioProject - NCBI。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或授权条款，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI 及 BioProject 的相关政策，并依据源站记录中的指引进行引用。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296484

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1259468

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNA甲基化是最有前景的年龄预测生物标志物之一，使得表观遗传时钟的开发成为可能，这些时钟可将甲基化谱与实足年龄相关联。在本研究中，我们探讨了衰老与疾病易感性之间的关系，重点关注奶牛的核DNA和线粒体DNA甲基化。我们采用酶法甲基化测序进行了全基因组DNA甲基化分析，覆盖了5300万个CpG位点。数据集包括96头具有不同表型的奶牛，采用横断面采样，年龄范围为2至9岁。我们应用弹性网络回归来识别对年龄估计最具预测性的CpG位点，实现了111天的平均绝对误差，并与实足年龄呈强相关，r = 0.97。除实足年龄预测外，我们还评估了疾病状态对表观遗传衰老的影响。我们的结果揭示了易患疾病的奶牛存在加速的表观遗传衰老，提示健康相关应激与DNA甲基化动态紊乱之间存在联系。我们进一步识别了与年龄相关的启动子甲基化变化，特别是在MAB21L1中，这可能参与分子衰老机制。

此外，我们观察到线粒体DNA甲基化随年龄下降，尤其是在编码细胞色素c氧化酶（COX）的基因中，这表明线粒体功能障碍与表观遗传调控之间可能存在联系。我们还观察到D-loop甲基化与mtDNA拷贝数之间呈负相关。本研究表明，表观遗传模型在预测家畜生物学年龄方面具有潜力，但也认识到其准确性可能因物种寿命不同而有所差异。总体设计：2020年11月至2021年2月期间，在温哥华一家农场采集了奶牛的血液样本。两年后，我们选择了48头因不孕相关并发症（BFR，n=6）、乳腺炎（BMS，n=6）、跛行（BFL，n=12）、代谢紊乱（BMT，n

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别