PRJNA1125410：近端小管TFEB年龄相关下调致系统性代谢紊乱并偶发载脂蛋白A4相关淀粉样变
我们构建了近端小管上皮细胞特异性Tfeb缺陷小鼠，并将其饲养至最长24个月，发现近端小管中Tfeb缺陷会随年龄增长引起代谢紊乱，偶尔导致载脂蛋白A4（APOA4）淀粉样变
基本信息
资源简介
PRJNA1125410：近端小管TFEB年龄相关下调致系统性代谢紊乱并偶发载脂蛋白A4相关淀粉样变
该数据集围绕近端小管上皮细胞特异性Tfeb缺陷小鼠模型展开，旨在探究近端小管中Tfeb缺失随年龄增长引发的系统性代谢紊乱及其相关病理改变。研究者将小鼠饲养至最长24个月，观察到Tfeb缺陷可导致代谢紊乱，并偶尔随年龄增长出现载脂蛋白A4（APOA4）相关的淀粉样变。为阐明代谢紊乱的发生机制，研究对肾脏进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。数据集属于内分泌、营养和代谢疾病领域的其他类别，来源为ebi.ac.uk，整体设计聚焦于肾脏皮质样本的单细胞转录组解析。
【数据集背景】
转录因子EB（TFEB）是调控溶酶体生物发生与自噬的关键因子，其在肾脏近端小管中的作用与全身代谢稳态之间的联系是本研究关注的核心问题。研究者构建了近端小管上皮细胞特异性Tfeb缺陷小鼠，并通过长期饲养观察（最长24个月）来模拟年龄相关的变化过程。研究发现，近端小管中Tfeb的缺失会随年龄增长引起代谢紊乱，并偶尔导致载脂蛋白A4（APOA4）淀粉样变，提示近端小管TFEB在维持系统性代谢平衡中具有重要作用。为深入解析这一表型背后的分子机制，研究进一步对肾脏组织开展了单细胞水平的转录组分析。
【数据内容】
本数据集的核心内容是肾脏皮质样本的单细胞RNA测序数据。根据整体设计，研究者从肾脏中解剖获取肾皮质样本，将其分离为单细胞后进行scRNA-seq分析。该数据可用于刻画肾脏皮质内不同细胞类型的转录组特征，并在此基础上比较Tfeb缺陷与对照条件下近端小管细胞及其他细胞群体的表达差异，从而为解释代谢紊乱的细胞学机制提供依据。除上述单细胞转录组信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据文件格式与规模的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源于ebi.ac.uk。生物样本为近端小管上皮细胞特异性Tfeb缺陷小鼠的肾脏皮质，小鼠饲养时间最长可达24个月，以观察年龄相关的代谢与病理变化。样本处理方式为将解剖获得的肾皮质组织分离成单细胞后进行单细胞RNA测序。关于小鼠品系背景、饲养条件、对照设置、样本采集时间点等具体实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究肾脏近端小管在系统性代谢调控中的作用，特别是TFEB相关通路与年龄相关代谢紊乱之间的关系；也适用于探讨APOA4相关淀粉样变的细胞与分子背景。由于提供了肾脏皮质的单细胞转录组，数据可用于细胞类型注释、差异表达分析、细胞状态与年龄相关变化的比较等分析任务，并可作为代谢性疾病与肾脏功能交叉领域研究的参考数据。
【使用方法】
使用时可基于单细胞RNA测序的常规分析流程开展研究：先进行质量控制与细胞过滤，随后进行归一化、降维与聚类，完成肾脏皮质细胞类型的注释；在此基础上比较不同基因型或年龄条件下近端小管细胞及其他细胞群体的转录组差异，识别与Tfeb缺失相关的表达变化和候选通路。由于源站未提供具体的文件清单、格式与处理参数，实际分析前需依据数据下载页面所附信息确认数据组织方式与分析细节。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、测序深度、细胞数量、重复数及批次信息的具体说明。该研究的表型观察周期较长（最长24个月），但源站未提供各时间点的样本分布信息。此外，APOA4相关淀粉样变被描述为“偶尔”发生，提示该表型可能具有不完全外显的特点，相关分析需考虑样本代表性。总体而言，使用该数据时应结合源站提供的原始记录判断其适用范围与局限。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可条款的具体信息，使用与再分发前应查阅数据在ebi.ac.uk上的对应页面以确认相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1125410
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们构建了近端小管上皮细胞特异性Tfeb缺陷小鼠，并将其饲养至24月龄，发现近端小管中Tfeb缺陷会导致代谢紊乱，随着年龄增长，这种紊乱偶尔会引发载脂蛋白A4（APOA4）淀粉样变性。为阐明代谢紊乱的机制，我们对肾脏进行了scRNA-seq分析。总体设计：将从肾脏解剖出的肾皮质样本分离为单细胞，并使用scRNA-seq进行分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
